ncbi所有数据库简介：技能篇NCBI数据库使用教程
ncbi所有数据库简介：技能篇NCBI数据库使用教程接下来，小编简单介绍一下NCBI包含的部分数据库，从而方便大家在构思研究思路时，能使用得当的数据库进行查找相关数据。总体来说，可以分为六大类，如图1、图2所示：NCBI首页NCBI 开发有 Genbank 等公共数据库，提供 Pubmed 、BLAST 、Entrez 、OMIM 、 Taxonomy 等工具，可对国际分子数据库和生物医学文献进行检索和分析，并开发用于分析基因组数据和传播生物医学信息的软件工具。 NCBI 还支持与推广多种医学及科技方面的数据库，如：三维蛋白质结构的分子模型数据库 （ MMDB） 、孟德尔人类遗传（ OMIM ）等。进入官方网址，可看到如下界面：
NCBI ：National Center for Biotechnology InFormation
美国国家生物技术信息中心
俗话说，民以食为天，而科研则以数据为天。NCBI包含的各类数据库无疑是科研数据积累的宝藏。今天，小编就用一文带你走进NCBI数据库。本篇文章分为两个部分，第一部分：入门，初识NCBI数据库；第二部分：技能，了解NCBI常见的5种使用方法。一起来看看吧！
Part 1：初 识 NCBI
官方网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
NCBI 开发有 Genbank 等公共数据库，提供 Pubmed 、BLAST 、Entrez 、OMIM 、 Taxonomy 等工具，可对国际分子数据库和生物医学文献进行检索和分析，并开发用于分析基因组数据和传播生物医学信息的软件工具。
NCBI 还支持与推广多种医学及科技方面的数据库，如：三维蛋白质结构的分子模型数据库 （ MMDB） 、孟德尔人类遗传（ OMIM ）等。
进入官方网址，可看到如下界面：
NCBI首页
接下来，小编简单介绍一下NCBI包含的部分数据库，从而方便大家在构思研究思路时，能使用得当的数据库进行查找相关数据。总体来说，可以分为六大类，如图1、图2所示：
图1
图2
具体介绍如下
文献类
基因类
蛋白质类
基因组类
遗传学
化学物质
Part2：NCBI的5种常见使用方法一、查找基因序列、mRNA序列
进入NCBI 主页，在 search 后面选择 Gene，输入需要查找的基因的名字，点击search，查看结果。
以基因P53为例，搜索结果如图：
点击红框部分，进入并下拉，可以看到大量的信息，如下图：
二、用Probe查找已经公布的引物序列
进入NCBI主页，在下拉菜单选择Probe之后填写需要查找的基因名称。
点击search，出现下面界面：
点击第一个链接，序列结果如下图所示：
三、上传数据到NCBI
NCBI对可提交的数据类型有详细列表，不同类型的数据分别提交到不同的数据库。
具体可查看：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/submit-sequence-data/
由于测序平台应用在不同类型的项目长会有不同分析结果，所以分析数据的提交要根据测序项目类型来定。
1. 建立一个属于自己的NCBI登录账户，用以提交数据。
打开下方链接：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/
点击图中标注的“Register for a NCBI account”，进入到注册页面，如实填写信息；
如何创建My NCBI账户，也可详细见：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3842/#MyNCBI.Registering_with_My_NCBI
2. 为提交的数据申请BioProject和BioSample号。
一个BioProject代表一项测序研究项目，它可包含多次实验（experiments）:
Step1：打开https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/，点击“BioProject”进入新建页面；
Step2：点击“New submission”，进行提交；
Step3：根据研究项目实际情况，填写一系列信息，每填写完一个步骤，都要点击页面下方的continue，保存已填写的信息。点击“submit”即可；
3. 在NCBI网站上登录自己的账户，进入数据提交的Submit界面后，点击相应的数据库进行数据的提交。（https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/）
四、如何用NCBI批量下载基因序列
1. 登入NCBI主界面，在下拉菜单里选择nucleotide，将基因的Accession number都排列在一起，用空格隔开，不要有回车符；
例如：NM_181571 NM_012319 NM_016651 NM_007678NM_004642 NM_145918 NM_024504 NM_014847 NM_004196 NM_002295：
填好后Search，然后会出现这样一个界面：
2. 点击上面的summary下拉标记，在Format选项中选择FASTA；
点击Apply，就会出现下一个界面：
3. 点击右上角的Send下拉标记，选中CompleteRecord和File，然后在下面Format中选择FASTA，Sort by不变（默认），最后点击Create File保存数据即可；
五、如何用NCBI下载物种的全基因组序列
1. 打开NCBI，在下拉栏里选择Genome，之后输入下载物种的拉丁名；
以拟南芥Arabidopsis thaliana为例：
搜索结果如下图所示：
2. 点击上图的“GenomeAssembly and Annotation report”进入下面的界面：
一般来说，选择level这一列中测序水平最高的一组就是黑色部分占据面积最多的。
3. 点击Assenbly这一列中的基因组编号，可进入全基因组下载界面；
4. 点击该界面的右侧，即可进行全基因组的下载；
参考资料
https://wenku.baidu.com/view/f86d817165ce0508763213df.html
https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/9550410.html
https://mp.weixin.qq.com/s/7EPj0lJGz2gesnLK_k_oGg
