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r语言逐步回归结果分析(R语言学习笔记六)

r语言逐步回归结果分析(R语言学习笔记六)dbinom(x size prob): 计算取某个值x的特定概率pbinom(q size prob): 计算累积概率二项分布的期望和方差分别E(X) = np和D(X) = np(1-p).1.2 R语言实例在R中常用的分布通常有对应的4个函数,分别以p(probobility,概率),d(distribution,分布),r(random,随机数),q(quantile,分位数)这四个字母开头。以二项分布为例,有如下4个函数:

导语:最近一直在学习一份R语言资料,是斯坦福大学的老师写的。可以直接在线学习,https://web.stanford.edu/class/bios221/book/index.html。里面有配套的R代码,小编在这里写一点读书笔记。本章介绍常见的离散分布及其应用。

1. 伯努利试验和二项分布

1.1 定义

若试验E只有两个结果AĀ,概率分别为p和1-p,则称E伯努利试验,将E独立重复n次称为n重伯努利试验。最典型的伯努利试验就是抛硬币的例子,比如抛3次硬币,观察到2次正面向上的概率为:(下图)。

r语言逐步回归结果分析(R语言学习笔记六)(1)

X表示n重伯努利试验中A发生的次数,则称随机变量X服从二项分布,记为X~b(n p),其分布律为:

r语言逐步回归结果分析(R语言学习笔记六)(2)

二项分布的期望和方差分别E(X) = npD(X) = np(1-p).

1.2 R语言实例

在R中常用的分布通常有对应的4个函数,分别以p(probobility,概率),d(distribution,分布),r(random,随机数),q(quantile,分位数)这四个字母开头。以二项分布为例,有如下4个函数:

r语言逐步回归结果分析(R语言学习笔记六)(3)

pbinom(q size prob): 计算累积概率

dbinom(x size prob): 计算取某个值x的特定概率

rbinom(n size prob): 产生n个b(size prob)的二项分布随机数

qbinom(p size prob): 分位数函数

其中size和prob两个参数分别表示伯努利试验的次数和每次试验成功的概率,即分别对应二项分布中的两个参数np。假如碱基突变的概率为5×10-4,我们模拟10000个位点发生突变的碱基数,并绘制条形图。

> simulations = rbinom(n = 300000 prob = 5e-4 size = 10000) > barplot(table(simulations) col = "lavender")

r语言逐步回归结果分析(R语言学习笔记六)(4)

再比如要生成10000个服从b(100 0.2)的随机数,画出概率密度直方图,并添加正态分布拟合曲线。

> library(dplyr) > library(ggplot2) > tibble(x = rbinom(10000 size=100 prob=0.2))%>% ggplot(aes(x= x)) geom_histogram(aes(y=..density..)) stat_function( fun =dnorm args =list(mean = 20 sd = 4) color ="red" )

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上述代码中使用了一种特殊的数据框tibble,这是R语言大神Hadley Wickham在tidyverse包中新定义的一种数据类型,是弱类型的data.frame,与data.frame有相同的语法,但使用起来更加灵活。如果要了解更多内容,可以参考R for Data Science这本书

(https://r4ds.had.co.nz/)。

模拟数据的期望和方差分别为20和0.4,根据中心极限定理,当n取很大值的时候,二项分布趋近于正态分布。因此我们的模拟数据能够与上图中的正态分布N(20 0.4)拟合。

2. 泊松分布

2.1 定义

泊松分布适合于描述单位时间内随机事件发生的次数。如某一服务设施在一定时间内到达的人数,汽车站台的候客人数,机器出现的故障数,自然灾害发生的次数,DNA突变的碱基个数等等。泊松分布只有一个参数λ,记为X~π(λ),其分布律为:

r语言逐步回归结果分析(R语言学习笔记六)(6)

泊松分布的期望和方差都等于λ,即E(X) = D(X)= λ。当二项分布的n较大时,可以用泊松分布逼近二项分布,其中λ = np.

2.2 R语言示例

我们分别生成1000个服从二项分布b(10000 0.01)和泊松分布π(100)的随机数,并画图。

> library(tidyverse) > tibble(x = rbinom(1000 size = 10000 prob =0.01) y = rpois(1000 100)) %>% pivot_longer(cols = c(x y)) %>% ggplot(aes(x= value)) geom_density(aes(col = name))

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这里先解释一下上述代码,首先我们创建了一个tibble类型的数据框,包含x和y两列,分别服从b(10000 0.01)和π(100)。再用pivot_longer()函数将数据框转换成长数据,最后作出直方图。

从图中我们可以看到两条曲线能够很好地重合,这也说明了我们上述的结论正确,即泊松分布可以看做是n很大p很小的二项分布。

3. 蒙特卡洛方法(Monte Carlo)

蒙特卡洛方法是指通过产生大量的随机数,来用于数值统计计算以获得问题的近似解。一个经典的例子是用蒙特卡洛模拟计算圆周率π,如下图所示,在正方形内产生足够多的随机点,这些点落在圆内的概率就是圆面积和正方形面积的比值,所以落在圆内的点的个数比上所有的点的个数(在正方形内的点)就等于落在圆内的概率。据此即可计算出π = 4*圆面积/正方形面积,下面用代码说明。

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> calpi <- function(n){ x <- matrix(runif(2 * n) ncol = 2) return(4*mean(rowSums(x^2)<=1)) } > pi_new <- c() > for (i in 1:1000){ pi_new[i] <- calpi(i) } > plot(pi_new) > abline(h=pi col = 2 )

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可以看到当随机数的个数n越来越大的时候,通过蒙特卡洛计算出的π逐渐接近真实值。

最后再看一个例子,假如X~π(0.5)中,X样本数为100。我们想知道X≥7的概率。我们当然能够用理论公式计算,p = 1- p(X≤6) = 1-。但这样计算显然是很复杂的,我们可以用蒙特卡洛模拟,生成大量的符合泊松分布的样本,然后计算概率。具体代码如下:

> maxes = replicate(100000 { max(rpois(100 0.5)) }) > table(maxes) maxes 1 2 3 4 5 6 7 8 23430 60446 14469 1530 110 7 > mean( maxes >= 7 ) [1] 0.00011

最后算出的p值为0.00011,也就是在这些样本中几乎不可能观察到大于7的值。蒙特卡洛模拟的限制在于其精度≤1/n,其中n表示产生的随机数。这也就是说要想得到足够精确的结果,必须产生足够数量的随机数,也对计算机的性能提出了很高的要求。

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R语言学习笔记(三)——实用的内置函数

R语言学习笔记(四)—pheatmap

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