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sci好看的流程图（超火的3SCI套路一刻钟教你零代码搞定）FZDs在胰腺癌中的mRNA表达。Figure 1. mRNA expression levels of FZDs in human cancers.本文涉及9张图片，1张表格。9张图包括：FZDs在泛癌中的表达。
从小白的角度，15分钟复现生信套路
从小白的角度，15分钟复现生信套路。今天为大家带来一篇干湿结合文章《Expression and prognostic impact of FZDs in pancreatic adenocarcinoma》的复现。
0.期刊信息
1.全文总览
本文涉及9张图片，1张表格。
9张图包括：
FZDs在泛癌中的表达。
Figure 1. mRNA expression levels of FZDs in human cancers.
FZDs在胰腺癌中的mRNA表达。
Figure 2. mRNA expression levels of FZDs in PAAD.
FZDs在胰腺癌中的蛋白表达。
Figure 3. Protein expression levels of FZDs in PAAD.
FZDs与胰腺癌分期和预后相关。
Figure 4. Correlation between FZDs and tumor stage in PAAD (a). Effect of FZDs on OS and RFS in PAAD (b).
FZDs在胰腺癌中的突变和相关性分析。
Figure 5. Mutation and correlation analysis of FZDs in PAAD.
FZDs在胰腺癌中相关基因的火山图。
Figure 6. Volcano plot of top 50 correlated genes to FZDs.
FZDs在胰腺癌中相关基因的热图。
Figure 7. Heatmap plot of top 50 correlated genes to FZDs.
FZDs及其相关基因的富集分析。
Figure 8. GO and KEGG enrichment analysis of FZDs.
Wnt信号通路图。
Figure 9. Wnt signaling pathway associated with FZDs.
1张表为：
单因素和多因素表。
Table 1. Univariable and multivariable analysis of OS and RFS in patients with PAAD.
2.复现思路
图一：FZDs在泛癌中的表达。
Oncomine数据库目前已经关闭，无法复现Figure 1.
在仙桃学术中，有类似的功能，非常方便快捷。
仙桃学术生信工具网址：https://www.xiantao.love/products
进入主页，选择高级版，点击“立即使用”（注：免费版和基础版都可以进行统计和可视化，由于高级版功能最全，这里选择高级版作为范例）。▼
选择“分析工具”后，在左侧选择“表达差异”下的“非配对样本”。
疾病选择“泛癌”，项目选择“XENA-TCGA_GTEx”，参数选择箱图，输入分子“FZD1”，并根据需要调整图形样式，点击“确认”。
得到：
其他FZDs分子也是同样的操作，即可复现Figure 1。
图二：FZDs在胰腺癌中的mRNA表达。
打开GEPIA2网站http://gepia2.cancer-pku.cn/#index，点击Expression DIY：
输入基因FZD1，q value输入0.05，dataset选择PAAD，点击plot：
即可得到：
其他FZDs分子也是同样的操作，即可复现Figure 2A。
点击box plot，基因输入FZD1，p value输入0.05，数据集选择PAAD，点击plot：
即可复现Figure 2B：
如果用仙桃工具复现Figure 2：
在左侧选择“表达差异”下的“非配对样本”。在数据中选择肿瘤类型“TCGA-PAAD”，参数选择点图，输入分子“FZD1”，并根据需要调整图形样式，点击“确认”：
其他分子也是同样的操作，即可复现Figure 2A。
在左侧选择“表达差异”下的“非配对样本”。在数据中选择肿瘤类型“TCGA-PAAD”，参数选择箱图，输入分子“FZD1”，并根据需要调整图形样式，点击“确认”：
其他分子也是同样的操作即可复现Figure 2B。
图三：FZDs在胰腺癌中的蛋白表达。
打开HPA网站https://www.proteinatlas.org/，输入FZD1，点击search：
点击pathology：
点击PANCREATIC CANCER：
选择一张IHC图片：
即可得到Figure 3中FZD1在胰腺癌中的IHC图片：
正常胰腺组织的图片获取也和胰腺癌组织是同样的操作。
图四：FZDs与胰腺癌分期和预后相关。
在左侧选择“临床意义”下的“临床相关性”。在数据中选择肿瘤类型“TCGA-PAAD”，数据选择pathologic stage，参数选择小提琴图，输入分子“FZD1”，并根据需要调整图形样式，点击“确认”：
即可得到：
其他FZDs分子根据同样的操作即可复现Figure 4A。
在左侧选择“临床意义”下的“预后分析”——“KM曲线图”。在数据中选择肿瘤类型“TCGA-PAAD”，预后参数选择OS，输入分子“FZD1”，并根据需要调整图形样式，点击“确认”。
即可得到：
其他FZDs分子根据同样的操作即可复现Figure 4B。
图五：FZDs在胰腺癌中的突变和相关性分析。
打开cbioportal网站https://www.cbioportal.org/，输入PAAD，勾选TCGA数据集，点击Query By Gene：
输入FZDs，点击Submit Query：
在结果页面中点击download即可复现Figure 5C：
点击cancer types summary即可复现Figure 5A：
在左侧选择“交互网络”下的“相关性热图”。在数据中选择肿瘤类型“TCGA-PAAD”，输入FZDs，统计分析参数选择spearman，显示相关系数，并根据需要调整图形样式，点击“确认”，即可复现Figure 5B：
在左侧选择“交互网络”下的“单基因相关性筛选”。在数据中选择肿瘤类型“TCGA-PAAD”，输入分子“FZD1”，方法选择spearman，点击“确认”：
等待分析完成后下载excel表格：
按照p_spearman<0.05对表格进行筛选，根据cor_spearman降序排列：
复制前50个基因和后50个基因。在仙桃网站分析工具左侧选择“交互网络”下的“单基因共表达热图”。在数据中选择肿瘤类型“TCGA-PAAD”，输入分子“FZD1”，并根据需要调整图形样式，点击“确认”：
即可得到：
其他FZDs分子也是同样的操作，即可复现Figure 7。
图八：FZDs及其相关基因的富集分析。
在左侧选择“功能聚类”下的“GO|KEGG富集分析”。输入复现图六和图七时得到的FZDs相关基因，点击“确认”：
即可得到富集结果：
保存结果。在左侧选择“功能聚类”下的“GO|KEGG可视化”，图片类型选择气泡图，在数据中选择刚刚保存的结果，ID list中输入想要展示的条目，选择分面，点击“确认”：
即可复现Figure 8：
打开KEGG数据库https://www.genome.jp/kegg/，输入Wnt，点击search：
点击map04310：
点击Image (png) file，即可复现Figure 9：
在左侧选择“临床意义”下的“单多因素Cox回归”。在数据中选择肿瘤类型“TCGA-PAAD”，临床参数选择如下图所示，预后指标选择OS，点击“确认”：
得到：
RFS也是同样的操作，将两个表格拼起来即可复现Table 1。
好了，本期零代码生信文章复现就到这里啦！有没有觉得仙桃学术的工具很赞很奈斯？希望大家好好利用这个宝藏，多多发文章~
