小麦基因组dna浓度（小麦多组学网站上线）
小麦基因组dna浓度（小麦多组学网站上线）Zang1817_PseudoGenome_Function_Annotation.txt.gz.Function annotation of gene model (TSV):Zang1817_PseudoGenome_HC_gene_model.gff3.gz.Low-confidence gene model (GFF3): Zang1817_PseudoGenome_LC_gene_model.gff3.gz.
小麦多组学网站上线“藏1817”基因组资源
昨天，中国农业大学农学院小麦研究中心孙其信教授、倪中福教授和彭惠茹教授为论文通讯作者，郭伟龙副教授、辛明明教授和博士生王梓豪为共同第一作者的文章“Origin and adaptation to high altitude of Tibetan semi-wild wheat”在Nature Communications 杂志上在线发表。文章在线后，我们第一时间获得了“藏1817”基因组以及其他相关的资源，现介绍如下：
1 “藏1817”基因组下载
百度网盘，链接: https://pan.baidu.com/s/1MhGnCrGvWkWtnUaNjdsdCg 密码: 0pbu
2 基因组注释资源下载
http://wheat.cau.edu.cn/Zang1817_genome/
High-confidence gene model (GFF3):
Zang1817_PseudoGenome_HC_gene_model.gff3.gz.
Low-confidence gene model (GFF3):
Zang1817_PseudoGenome_LC_gene_model.gff3.gz.
Function annotation of gene model (TSV):
Zang1817_PseudoGenome_Function_Annotation.txt.gz.
Transposable element annotation (GFF3):
Zang1817_TE.gff3.gz.
3 基因组以及基因 blast
小麦多组学网站(http://202.194.139.32/blast/viroblast.php)
4 基因组序列和基因序列获取
小麦多组学网站(http://202.194.139.32/getfasta/)
5 引物设计和特异性检测
小麦多组学网站(http://202.194.139.32/PrimerServer/)
6 基因组浏览器JBrowse
小麦多组学网站(http://202.194.139.32/jbrowse-1.12.3-release/?data=Zang1817)
建议清除浏览器缓存之后使用
特别强调一点，JBrowse支持中国春以及藏1817基因ID的搜索，如下图所示
另外也支持获取基因的内含子、外显子以及上下游序列。
7 在Triticeae-GeneTribe(TGT)数据库（http://wheat.cau.edu.cn/TGT/）中查询“Zang1817”基因组信息
可在任意assembly的菜单栏中选择“Triticum aestivum(Zang1817)”选项。如下图：
可通过不同方式选择“同源基因查询、分析及可视化”。
例如，可通过如下链接（API，点开后点击“GO”按钮）可得到下图中的进化树及基因结构的可视化效果：
http://wheat.cau.edu.cn/TGT/m3/?navbar=Homologues&orth_query=IWGSCv1p1&orth_geneID_list=TraesCS3B02G475800&orth_group=1&orth_subject_one=IWGSCv1p1itself zang1817v1
微观共线性分析（microcollinearity）
例如，可通过如下链接（API，点开后点击“GO”按钮）可得到下图中Zang1817和中国春（IWGSCv1）的5A上某基因的局部共线性区间的可视化可视化效果：
http://wheat.cau.edu.cn/TGT/m3/?navbar=MicroCollinearity&mul_geneID=TraesZN5A01G396700&mul_gnum=5&mul_region=&mul_species1=zang1817v1_chrNA&mul_another_spec=IWGSCv1p1_chrNA
8 更多信息
请参考农大网页（http://wheat.cau.edu.cn/Zang1817_genome/）
CitationWeilong Guo* Mingming Xin* Zihao Wang* Yingyin Yao Zhaorong Hu Wanjun Song Kuohai Yu Yongming Chen Xiaobo Wang Panfeng Guan Rudi Appels Huiru Peng# Zhongfu Ni# Qixin Sun#. (2020). Origin and adaptation to high altitude of Tibetan semi-wild wheat Nature Communications doi:10.1038/s41467-020-18738-5.
*These authors contributed equally to this work.
#Correspondence and requests for materials should be addressed to Huiru Peng (email: penghuiru at cau.edu.cn) Zhongfu Ni (email: nizf at cau.edu.cn) or Qixin Sun (email: qxsun at cau.edu.cn)
NC|中农小麦研究中心在西藏半野生小麦起源与高原适应性研究中取得突破性进展
视频|泛基因组时代同源基因推断新策略并构建小麦族同源基因数据库
一作解读|Mol Plant中国农大小麦研究中心提出泛基因组时代同源基因推断新策略并构建小麦族同源基因数据库
东半球最好用的小麦基因组浏览器(JBrowse)
10万 [必看] | 小麦多组学网站访问创新高
