r语言三组数据相关性分析（R语言学习笔记七）
r语言三组数据相关性分析（R语言学习笔记七）泊松分布：μ = σ2 =λ二项分布：μ = np，σ2 = np(1-p) μ < σ2和二项分布类似，负二项分布也用于描述伯努利试验，已知一个事件在伯努利试验中每次的出现概率是p，在一连串伯努利试验中，刚好在第r k次试验出现第r次的概率。比如我们生产某个零件，合格率是p，现在抽查一批零件，直到抽到r个次品停止抽查，此时共抽查到的正品个数服从负二项分布。其分布律为：负二项分布的期望和方差分别为μ= pr/(1-p)，σ2 = pr/(1-p)2，可以看出其方差大于期望。负二项分布的一个重要应用就是模拟RNA-Seq数据中的counts数（即每个基因的reads数）。那么问题来了，为什么不用我们之前提到的二项分布和泊松分布来模拟呢？主要的原因是人们发现RNA-Seq的数据通常呈现下图特点，即期望小于方差。回顾我们之前提到的二项分布和泊松分布：
导语：
本期继续跟大家一起学习一份R语言资料
（https://web.stanford.edu/class/bios221/book/index.html）。上一期给大家介绍了二项式分布和泊松分布「R语言学习笔记（六）」，这里继续给大家介绍另外两种离散型分布。
1. 负二项分布
和二项分布类似，负二项分布也用于描述伯努利试验，已知一个事件在伯努利试验中每次的出现概率是p，在一连串伯努利试验中，刚好在第r k次试验出现第r次的概率。比如我们生产某个零件，合格率是p，现在抽查一批零件，直到抽到r个次品停止抽查，此时共抽查到的正品个数服从负二项分布。其分布律为：
负二项分布的期望和方差分别为μ= pr/(1-p)，σ2 = pr/(1-p)2，可以看出其方差大于期望。
负二项分布的一个重要应用就是模拟RNA-Seq数据中的counts数（即每个基因的reads数）。那么问题来了，为什么不用我们之前提到的二项分布和泊松分布来模拟呢？主要的原因是人们发现RNA-Seq的数据通常呈现下图特点，即期望小于方差。回顾我们之前提到的二项分布和泊松分布：
二项分布：μ = np，σ2 = np(1-p) μ < σ2
泊松分布：μ = σ2 =λ
可见这两种分布都不满足条件，因此通常用负二项分布模拟RNA-Seq数据。
2. 多项式分布
多项式分布可以看做是二项分布的推广，如果我们的试验不是伯努利试验，而是有多个结果，比如扔一个骰子得到的点数可能的取值为1到6。重复扔n次骰子，1到6出现的次数就服从一个多项式分布。再比如一段DNA序列由ATCG这4中碱基构成，每种碱基的比例是不相同的，可以认为每种碱基的个数服从多项式分布。如下图所示，可以想象n个小球随机落到4个大小不同的盒子里，落在每个盒子里球的个数也服从多项式分布。
多项式分布的分布律为:
举个例子，假如上图中4个盒子分别代表ATCG四种碱基，且比例分别为p(A)=1/8 p(T)=1/8 p(C)=3/8 p(G)=3/8。把6个小球随机装到这4个盒子里面，现计算4个盒子中分别有0、0、4、2个小球的概率：
6!/(4!*2!)*(3/8)4*(3/8)2= 0.0417
我们可以用R语言验算一下：
> dmultinom(c(0 0 2 4) prob = c(1/8 1/8 3/8 3/8))
[1] 0.04171371
3. 检验功效
power of test statistics
3.1
定义
我们知道假设检验有两类错误，第Ⅰ类错误为H0正确拒绝H0，第Ⅱ类错误为H0错误接受H0，通常我们希望尽可能降低第Ⅰ类错误发生的概率。检验功效power与第Ⅱ类错误相反，即H0错误拒绝H0的概率，也称为false positive rate。power越大表明犯第Ⅱ类错误的可能性越小。
这张表在机器学习中又叫做混淆矩阵（Confusion Matrix），其实就是统计了各种预测结果与真实值的差异。
3.2
数据模拟
下面还是以DNA碱基为例子，假如我们要检测DNA上的一段序列中4种碱基数目是否相同，即无效假设H0：p(A) = p(T) = p(C)= p(G)=1/4。我们使用蒙特卡洛的方法来进行假设检验，首先用rmultinom函数从零假设中生成1000个模拟，每个模拟有20个碱基：
> pvec = rep(1/4 4)
> obsunder0 = rmultinom(1000 prob = pvec size =20)
> dim(obsunder0)
> dim(obsunder0)
[1] 4 1000
> obsunder0[ 1:11]
[ 1] [ 2][ 3] [ 4] [ 5] [ 6] [ 7] [ 8] [ 9] [ 10] [ 11]
[1 ] 3 7 8 3 5 8 5 7 7 7 7
[2 ] 4 4 6 4 4 5 3 6 5 3 5
[3 ] 8 4 3 6 6 1 2 4 3 4 2
[4 ] 5 5 3 7 5 6 10 3 5 6 6
矩阵obsunder0中的每一列都是一个模拟，可以看到数据的分布非常不均匀，从1到10 不等，而期望值是5。那么我们怎样检测这些数据是否服从（1/4 1/4 1/4 1/4）的多项式分布呢？
3.3
假设检验
首先我们构造一个统计量stat来衡量预测值与期望值的偏差：
下面用R语言计算该统计量：
> abline(v = quantile(S0 0.95) col ="red")
> stat = function(obsvd exptd = 20 * pvec) { #写函数计算stat
sum((obsvd -exptd)^2 / exptd)
}
> stat(obsunder0[ 1]) #计算第一列的stat值
[1] 2.8
> S0 = apply(obsunder0 2 stat) #计算所有列的stat值
> summary(S0)
Min. 1stQu. Median Mean 3rd Qu. Max.
0.000 1.200 2.400 3.016 4.000 17.600
> hist(S0 breaks = 25 col = "lavender" main = "")
> quantile(S0 0.95) #95%的分位数
95%
8
> abline(v = 8 col = "red")
我们做出S0的分布直方图，其95%的分位点为8，这表明当统计量stat大于8时，我们应该拒绝原假设，比如我们obsunder0中的第一组数据，其stat值为2.8，所以应该接受H0，即认为这段DNA序列中的4种碱基个数相等。
然后我们用一个备择假设模拟出另外一组数据，并计算统计量stat。假设4种碱基的比例分别为3/8 1/4 1/4 1/8，代码如下：
> pvecA = c(3/8 1/4 1/4 1/8)
> observed = rmultinom(1000 prob = pvecA size =20)
> S1 = apply(observed 2 stat)
> power = mean(S1 > quantile(S0 0.95))
[1] 0.193
也就是power = 0.193，这个检验功效是很低的，这是由于我们数据中的DNA序列只有20个碱基，会出现较多偶然情况。
4. 小结
R语言学习笔记系列（六）和（七）两期，给大家介绍了几种常见的离散分布，包括二项分布、泊松分布、负二项分布和多项式分布，以及用蒙特卡洛方法进行模拟计算。
抛硬币的试验是典型的伯努利试验，抛n次硬币证明向上的次数服从二项分布。可以使用函数rbinom来模拟二项分布。
泊松分布适合于p较小时的情形。它只有一个参数λ，当p较小时，λ=np的泊松分布近似于b(n p)的二项分布。
负二项分布可用于模拟RNA-Seq数据中每个基因的reads数。
多项式分布用于描述具有两个以上可能结果或级别的离散事件，例如一段DNA序列上ATCG四种碱基的个数。
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