为什么脚本打不开？为什么这个脚本换个电脑就用不了了

为什么脚本打不开？为什么这个脚本换个电脑就用不了了https://pixabay.com/photos/mongolian-girl-traditional-clothes-7336271/最近运行GeneMark软件进行基因预测时，发现里面的 perl 程序找不到一些依赖模块，看了下，perl 程序中的 shebang 语句是这么写的#!/usr/bin/perl，而我把相应的模块都通过conda 安装在了一个环境下 两个路径不一致，所以找不到。解决方法有 3 个：也是为了脚本的可移植性，建议上述shebang 语句都用下面的写法：这样程序运行时会根据$PATH 中指定的解释器，做出正确的选择。

在很多脚本中，我们常看到这样的写法 一般称为shebang 语句，比如

• #!/bin/bash 用于定义和执行一个bash 脚本
• #!/usr/bin/perl 用于定义和执行一个perl 脚本
• #!/usr/bin/python 用于定义和执行一个python 脚本
• #!/usr/bin/Rscript 用于定义和执行一个R 脚本

这样写的好处是，我们每一个放到了环境变量 （ 关于环境变量，你可能需要看下 PATH和path，傻傻分不清）且有可执行权限的脚本都可以直接调用运行。比如有一个脚本名字叫do_all_analysis.py 在~/bin 目录下，你有下面几种运行方式：

1. do_all_analysis.py
2. ~/bin/do_all_analysis.py
3. python ~/bin/do_all_analysis.py

第一种无疑是最简单、通用的方式， 但需要程序满足三个条件：1. 有shebang 语句；2. 有可执行权限；3. 该脚本放在了环境变量包含的一个路径下。

当然上面的写法还存在一些问题，尤其是我们在用了 conda 环境或自己自定义位置安装了不同语言的解释器程序后，比如你把R 安装在了自己家目录下，例如~/R/，相应的 Rscript 的路径也要跟着变(#!~/R/bin/Rscript)，这样脚本给别人用时就不太方便了，可能就好直接报错了，找不到Rscript。

最近运行GeneMark软件进行基因预测时，发现里面的 perl 程序找不到一些依赖模块，看了下，perl 程序中的 shebang 语句是这么写的#!/usr/bin/perl，而我把相应的模块都通过conda 安装在了一个环境下 两个路径不一致，所以找不到。解决方法有 3 个：

1. 设置 PERL5LIB环境变量，把 conda 中 perl 模块的路径加进去。
2. 如果只是一台电脑用，没问题；
3. 但迁移时就会麻烦些，每台电脑都需要设置。
4. 用根目录下的 perl 重装一遍模块。缺点同 1.
5. 修改shebang 语句为#!/usr/bin/env perl，让程序运行时自己去找当前环境变量中的perl 解释器 ( 我激活了 conda 环境，肯定用的是 conda 里面的解释器)，再根据解释器去匹配模块位置，就没问题了。

也是为了脚本的可移植性，建议上述shebang 语句都用下面的写法：

• #!/bin/env bash 用于定义和执行一个bash 脚本
• #!/usr/bin/env perl 用于定义和执行一个perl 脚本
• #!/usr/bin/env python 用于定义和执行一个python 脚本
• #!/usr/bin/env Rscript 用于定义和执行一个R 脚本

这样程序运行时会根据$PATH 中指定的解释器，做出正确的选择。

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