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生物识别软件安装到电脑怎么运行?这才是完美的生物信息软件安装方式

生物识别软件安装到电脑怎么运行?这才是完美的生物信息软件安装方式3、软件左侧是分类类目,可以首先选择软件类目,缩小范围,在从中选择需要的内容,也可以直接进行搜索。1、软件安装,目前Synaptic只能安装在Debian系统,以前系统集成,现在需要单独安装。2、启动ubuntu菜单,搜索Synaptic,或者直接在命令行敲synaptic命令启动软件。需要输入root密码。

安装生物信息软件一直是困扰很多人的一个问题,现在有了bioconda,可以方便的安装很多生物信息软件,但是bioconda也有一定的缺陷,首先就是链接速度太慢,而且由于python的多个版本,很多时候目录会弄的特别乱,我理想中的安装生物信息的方法,应该是像App Store安装应用一样就好了,而Ubuntu系统的Synaptic工具就可以完成这个作用,目前里面已经集成了很多生物软件,而且,它比App Store历史要悠久。

Synaptic介绍

新立得(synaptic)是Debian和Ubuntu Linux操作系统的包管理工具apt的图形化前端。它结合了图形界面的简单操作和 apt-get 命令行工具的强大功能。您可以使用新立得安装、删除、配置、升级软件包,对软件包列表进行浏览、排序、搜索以及管理软件仓库或者升级整个系统。您可以进行一些系列操作形成操作队列,并一起执行它们。新立得会提示您可能的依赖关系(您所选择的软件包所需的额外软件包)以及您所选择的软件包与系统中已经安装了的软件包的冲突。
http://www.nongnu.org/synaptic/

生物识别软件安装到电脑怎么运行?这才是完美的生物信息软件安装方式(1)

Synaptic使用

1、软件安装,目前Synaptic只能安装在Debian系统,以前系统集成,现在需要单独安装。

apt install -y synaptic #安装新立得


生物识别软件安装到电脑怎么运行?这才是完美的生物信息软件安装方式(2)

2、启动ubuntu菜单,搜索Synaptic,或者直接在命令行敲synaptic命令启动软件。需要输入root密码。


生物识别软件安装到电脑怎么运行?这才是完美的生物信息软件安装方式(3)

3、软件左侧是分类类目,可以首先选择软件类目,缩小范围,在从中选择需要的内容,也可以直接进行搜索。

生物识别软件安装到电脑怎么运行?这才是完美的生物信息软件安装方式(4)

4、其实软件管理的就是/etc/apt目录下sources.list中的软件源,可以额外添加,如果有一个专用的生物软件源,像bioconda一样,就太方便了。

生物识别软件安装到电脑怎么运行?这才是完美的生物信息软件安装方式(5)


5、在新立得软件的Science选项卡中可以找到非常多的生物软件,选中安装即可,可以自动安装依赖,像App Store安装App一样方便。

生物识别软件安装到电脑怎么运行?这才是完美的生物信息软件安装方式(6)

6、可以从中找到bwa,blast,blat,bcftools,bedtools,bowite2,phylip,clustalW,NCBI系列,samtools,seqtk等等,总之非常非常多,选中安装即可,非常方便。


生物识别软件安装到电脑怎么运行?这才是完美的生物信息软件安装方式(7)


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