快捷搜索:  汽车  科技

基因合成装置(全自动化1次合成超)

基因合成装置(全自动化1次合成超)鉴于此,化学合成法应运而生,并曾在很长一段时间中成为直接合成DNA的主要方法。PCR扩增原理首先,我们要明白,生物体内的DNA合成是通过DNA聚合酶进行的,DNA聚合酶可以合成与模板链完全互补的DNA链,速度快、条件温和、错误率低是它的优势。人们利用这个原理发展了PCR技术,可以快速且廉价的得到想要的DNA链。但美中不足的是,DNA生物合成依赖模板链,只能从已有的生物基因组中获取模板,合成互补的DNA链。在没有模板的情况下,无法实现从头合成,因此不能满足合成生物学和DNA存储的需求。

我们都知道,DNA是储存遗传信息的主要载体,DNA合成技术是人类探索生命奥秘过程中的必要工具。但是深入到基因组层面,即便最小的病毒基因组,也有几十Kb的长度,常见模式微生物大肠杆菌的基因组更有约4.2Mb的大小。如果使用传统的柱式DNA合成法来制备,这些最简单的基因组的制备成本就需要数百万元。

基因合成装置(全自动化1次合成超)(1)

图片来源:百度图片

为了应对复杂的DNA合成需求,高通量DNA合成技术逐渐进入人们的视野,在各领域发挥关键性作用。

那么,能够推动生命奥秘探索的“高通量DNA合成技术”究竟是怎样的呢?这一产业国内的进展如何呢?

首先,我们要明白,生物体内的DNA合成是通过DNA聚合酶进行的,DNA聚合酶可以合成与模板链完全互补的DNA链,速度快、条件温和、错误率低是它的优势。人们利用这个原理发展了PCR技术,可以快速且廉价的得到想要的DNA链。

但美中不足的是,DNA生物合成依赖模板链,只能从已有的生物基因组中获取模板,合成互补的DNA链。

在没有模板的情况下,无法实现从头合成,因此不能满足合成生物学和DNA存储的需求。

基因合成装置(全自动化1次合成超)(2)

PCR扩增原理

鉴于此,化学合成法应运而生,并曾在很长一段时间中成为直接合成DNA的主要方法。

DNA化学合成基于固相化学合成的原理,利用DNA固相化学合成技术,可以在每个反应器上合成一条DNA,但由于化学合成的效率没有生物合成那么高,因此,得到的DNA链长度通常不能超过200碱基。

基因合成装置(全自动化1次合成超)(3)

DNA化学合成基于固相化学合成的原理

如何实现破局?依靠高通量的“控制开关”,完美的解决了这一难题。

1938年人们发明了晶体管,并在1950年前后掌握了PN结的工作原理。一个晶体管就如同一条化学合成的DNA短链,不能发挥很大的作用,而利用光刻机、掩模板和光刻胶,人们可以在硅片的不同区域刻画出不同的图形,使得一些区域被暴露参加化学反应,另一些区域被光刻胶等保护起来不参加化学反应,通过这样的高通量“控制开关”,就可以在硅片的不同区域分别加工出微小的PN结、导线、电阻、电容等,最终制造出功能强大的CPU等芯片。

因此,基于同样的思路,只要把大量的DNA化学合成位点集中在一个表面上,再设计合适的开关机制,自动控制表面上成千上万个合成位点的打开和关闭,使得反应按需地在特定区域进行,就可以制造出真正意义上的高通量DNA合成芯片。

高通量DNA合成芯片在芯片大小的表面上可以同时进行数以万计甚至更多的DNA合成,合成成本比常规合成降低了几个数量级。尽管得到的每种DNA产物也比常规合成也降低了几个数量级,但在获得初始产物后,接下来就可以利用廉价高效的PCR技术对初始产物进行大量复制,大幅降低扩增成本。因此利用高通量DNA合成技术,实际可以把DNA从头合成的成本降低几个数量级。

基因合成装置(全自动化1次合成超)(4)

图片来源:金斯瑞官网

而高通量DNA合成技术和装备使得低成本的合成生物学、DNA存储等变得可行,使得深刻认识、改造生物体成为可能。

在当前的市场当中,已经有诸多专注于高通量芯片 DNA 合成的技术公司,各家技术也不尽相同。例如在 “脱保护” 方法上,Affymetrix 采用的是掩模光刻合成技术,Twist Bioscience 采用的是喷墨打印合成技术。而金斯瑞此次芯片所使用的 “脱保护” 方法,则来源于其收购公司 CustomArray 的电化学合成技术,该方法利用电化学反应产生酸以脱去保护基团,之后控制亚磷酰胺单体进行偶联合成。

该款高密度 DNA 合成芯片是使用其专有的微型半导体芯片技术研发所得,其能够允许 840 万个独特的寡核苷酸的同时合成,其中单个寡核苷酸的碱基数最多可达 170 个。

在之后,以该款最高通量的半导体芯片为基础,金斯瑞还进一步研发推出了新一代、业界吞吐量最高的 DNA 合成平台,平台搭载有 4 个上述芯片,能够 1 次合成超过 57 亿个寡核苷酸。这也使得金斯瑞成为高通量 DNA 合成平台的霸主。

基因合成装置(全自动化1次合成超)(5)

图片来源:金斯瑞官网

DNA天然可以作为4进制的存储介质(A/T/C/G),并拥有信息密度高,存储时间长等优势。鉴于理论上无限的存储容量、稳定性和最少的维护要求,DNA 可能是一种强大的数据存储介质。然而,我们无法快速生成大量 DNA,这阻碍了其商业化的前景。金斯瑞的半导体技术解决了 DNA 数据存储最棘手的挑战,正在将虚构变成现实。

在数据量爆炸的世界,如果能进一步大幅压缩每碱基的合成价格,DNA存储也将成为一种很好的信息存储方式。金斯瑞取得的这些突破,在DNA合成能力的飞跃有可能“破圈”,从而实现生物行业以外的应用。

参考文献:

[1] Gene expression profiling of p53-sensitive and -resistant tumor cells using DNA microarray[J] . S. A. Maxwell G. E. Davis. APOPTOSIS . 2004 (2)

[2] Bioinformatic tools for DNA/protein sequence analysis functional assignment of genes and protein classification[J] . B. Rehm. Applied Microbiology and Biotechnology . 2001 (5-6)

[3] 临床几种常见病原细菌的通用基因芯片检测[J]. 史清海 翟俊辉. 现代检验医学杂志. 2006(01)

[4] 在DNA芯片平台上探测AIV不同亚型cDNA[J]. 王秀荣 邓国华 于康震 石锐 刘丽玲 乔传玲 陈化兰 孔宪刚. 中国农业科学. 2005(02)

[5] 16SrDNA基因芯片检测临床常见感染性细菌[J]. 翟俊辉 郭兆彪 宋亚军 王津 张敏丽 杨瑞馥 韩俊. 临床检验杂志. 2002(03)

[6] 应用通用寡核苷酸芯片技术检测病原菌的初步研究[J]. 宋亚军 王津 翟俊辉 郭兆彪 张敏丽 杨瑞馥. 中华检验医学杂志. 2002(02)

[7] 应用cDNA微矩阵基因芯片筛选运动性心肌肥大相关基因的初步研究[J]. 田振军 张志琪 唐量 郭进 刘健. 中国运动医学杂志. 2002(02)

[8] 基因芯片技术研究进展[J]. 邹宗亮 王志清 王升启. 高技术通讯. 2000(05)

猜您喜欢: