mirna进化（miRNA研究门户网站YM500v2数据库）

mirna进化（miRNA研究门户网站YM500v2数据库）分别提供了单个miRNA、多个miRNA、按照miRNA聚类和特定区域miRNA等四种查询方式。其中单个miRNA表达查询最为简洁，分别提供了该miRNA在不同种类组织里面表达水平及表达量分布等信息。一、已知miRNA表达水平查询http://ngs.ym.edu.tw/ym500v2/index.php主要功能模块﹀

MicroRNA (miRNA) 是一类由内源基因编码的长度约为22个核苷酸的非编码单链RNA分子，它们在动植物中参与转录后基因表达调控。每个miRNA可以有多个靶基因，而几个miRNA也可以调节同一个基因。这种复杂的调节网络既可以通过一个miRNA来调控多个基因的表达，也可以通过几个miRNA的组合来精细调控某个基因的表达。

MicroRNA的异常表达与肿瘤的发生发展密切相关，TCGA数据库里面microRNA仅有表达定量信息，对于靶基因预测、组间差异表达等分析需要另外的网站辅助及手工进行处理，非常不便于研究。今天小诺就给大家介绍一个门户级别的网站，一次可以满足大家多个需求，这个数据库就是YM500v2

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http://ngs.ym.edu.tw/ym500v2/index.php

YM500v2

主要功能模块

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一、已知miRNA表达水平查询

分别提供了单个miRNA、多个miRNA、按照miRNA聚类和特定区域miRNA等四种查询方式。其中单个miRNA表达查询最为简洁，分别提供了该miRNA在不同种类组织里面表达水平及表达量分布等信息。

多个miRNA表达查询需要选择标本类型（可多选），查询返回的是样品来源类型及表达量信息，点击 ex pression 按钮之后会自动画出热图及提供表达水平量数据的下载。

按照miRNA聚类查询是以候选miRNA作为中心选择100Kb以内的miRNA作为候选集合，然后进行多个miRNA查询。特定区域miRNA表达查询和前面的类似，在这里就不详细讲述了。

二、新的miRNA预测

可以提供序列或者按照基因组位置信息进行预测，预测方法是基于miRDeep2，Mireap和miRanalyzer三个软件，只要有一个预测到就会显示出来。此外点击UCSC等数据库链接还能看到序列在基因组的情况。

三、miRNA异构体分析

我们以example的hsa-miR-21-5p为例进行搜索。

里面包括了具体的miRNA编辑位点及基于测序reads的支持情况，还有简并碱基情况。点击每条异构体会提供表达量分布及每个样品表达水平等详细信息（以下划线的异构体为例）。

四、5’和3’miRNA搜索

搜索之后返回同一条miRNA前体产生的两条不同miRNA差异表达情况，不同颜色的点代表不同类型的样品，在蓝线之外的就是具有差异表达的样品。

五、组间miRNA差异表达比较

选择两个group样品类型及填写邮箱信息，然后提交任务即可。任务完成之后会邮件通知分析完成，打开邮件链接即可看到分析结果（数据只能保存7天），并且所有分析结果都可以下载。

来源：永诺生物

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