如何在geo数据库找到合适数据：一图介绍GEO数据库

如何在geo数据库找到合适数据：一图介绍GEO数据库扬帆起航正当时踌躇满志无限期作者已经整理好的数据下载，可通过GEOquery包直接得到表达矩阵，GSE号下载数据为seires Matrix File文件，含有整理好的表达矩阵、样品信息等，GDS号数据下载数据为soft文件，数据下载之后有时需要标准化，如log2变换。探针注释文件含有genelD和探针直接的对应关系，最好不要通过R包下载探针注释文件，下载结果有时候不完全，所以还是去GEO官网下载注释文件，原始芯片数据一样可以通过GEOquery包getGEOSuppFiles（）函数下载，筛选CEL结尾的文件 AffyBatch类，用于存储探针水平数据。需要标准化.科研路其修远兮，吾将上下而求索，有烦恼苦闷或者有趣好玩的事情记得告诉小助理，希望陪伴您一起成长。

GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，也就是说只要是目前已经发表的论文，论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。关键是这个数据是免费的！

NCBI Gene Expression Omnibus（GEO）作为各种高通量实验数据的公共存储库。这些数据包括基于单通道和双通道微阵列的实验，检测mRNA，基因组DNA和蛋白质丰度，以及非阵列技术，如基因表达系列分析（SAGE），质谱蛋白质组学数据和高通量测序数据。

在GEO最基本的组织层面，有四种基本实体类型。前三个（样本，平台和系列）由用户提供; 第四，数据集由GEO工作人员根据用户提交的数据进行编译和策划。

检索界面，网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo

总结

作者已经整理好的数据下载，可通过GEOquery包直接得到表达矩阵，GSE号下载数据为seires Matrix File文件，含有整理好的表达矩阵、样品信息等，GDS号数据下载数据为soft文件，数据下载之后有时需要标准化，如log2变换。

探针注释文件含有genelD和探针直接的对应关系，最好不要通过R包下载探针注释文件，下载结果有时候不完全，所以还是去GEO官网下载注释文件，原始芯片数据一样可以通过GEOquery包getGEOSuppFiles（）函数下载，筛选CEL结尾的文件 AffyBatch类，用于存储探针水平数据。需要标准化.

科研路其修远兮，吾将上下而求索，有烦恼苦闷或者有趣好玩的事情记得告诉小助理，希望陪伴您一起成长。

踌躇满志无限期

扬帆起航正当时

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