gromacs参数怎么看？gromacs简单教程1-pdb2gmx
gromacs参数怎么看？gromacs简单教程1-pdb2gmxgromacs自带的力场有很多：该命令读入分子文件，使用tipp水模型，等等，然后pdb2gmx会让你选择力场文件。然后它就很聪明地帮你建立初始模拟系统啦。------------------------------------------------------------------------其他的参数还不少，可以好好看一个pdb2gmx的帮助文件，一般的pdb2gmx的执行格式如下（假设你的分子坐标文件为sen.pdb）：pdb2gmx -f sen.pdb -o sen.gro -p sen.top -water tip4p -ignh -his
gromacs的pdb2gmx命令使用gromacs做分子动力学模拟时，第一个要用到的命令一般都是pdb2gmx。这个命令把pdb分子文件转化成gromacs独特的gro分子结构文件类型，同时产生分子拓扑文件。
Gromacs是典型的GPL软件，每一个命令都有很多命令参数。这对熟悉windows环境的人来说有一点烦，但是如果熟悉了Linux环境，也就慢慢喜欢啦。（建议多使用命令，就像VMD， Pymol，rasmol和Chimera等等分子可视化软件，如果接合命令使用，功能都非常强大。另外一个比较bt的软件叫做WHATIF的，完全建立在bt的命令菜单上，心理承受能力不强者多半吐血而终。
使用“pdb2gmx -h”可以得到pdb2gmx的所有参数及简单说明（gromacs的任何命令都可以使用-h参数得到类似帮助）。pdb2gmx的参数很多，但是常用的只有以下几个：
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- -f 指定你的坐标文件，可以是pdb、gro、tpr等等包含有分子坐标的文件;
- -o 输出文件，也就是处理过的分子坐标文件，同样可以是pdb、gro、g96等文件类型;
- -p 输出拓扑文件。pdb2gmx读入力场文件，根据坐标文件建立分子系统的拓扑;
- -water 指定使用的水模型，使用pdb2gmx的时候最好加这个参数，不然后面会吃苦头。它会提前在拓扑文件中添加水分子模型文件;
- -ff 指定力场文件（下文讨论），也可以不用这个参数，再自行选择;
- -ignh 舍弃分子文件中的H原子，因为H原子命名规则多，有的力场不认;
- -his 独个指定HIS残基的质子化位置。
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其他的参数还不少，可以好好看一个pdb2gmx的帮助文件，一般的pdb2gmx的执行格式如下（假设你的分子坐标文件为sen.pdb）：
pdb2gmx -f sen.pdb -o sen.gro -p sen.top -water tip4p -ignh -his
该命令读入分子文件，使用tipp水模型，等等，然后pdb2gmx会让你选择力场文件。然后它就很聪明地帮你建立初始模拟系统啦。
gromacs自带的力场有很多：
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- 0: GROMOS96 43a1 force field
- 1: GROMOS96 43b1 vacuum force field
- 2: GROMOS96 43a2 force field (improved alkane dihedrals)
- 3: GROMOS96 45a3 force field (Schuler JCC 2001 22 1205)
- 4: GROMOS96 53a5 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)
- 5: GROMOS96 53a6 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)
- 6: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)
- 7: [DEPRECATED] Gromacs force field (see manual)
- 8: [DEPRECATED] Gromacs force field with hydrogens for NMR
- 9: Encad all-atom force field using scaled-down vacuum charges
- 10: Encad all-atom force field using full solvent charges
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本人建议使用OPLS力场和tip4p水模型。tip4p水有四个粒子，分别是两个氢原子，一个氧原子和一个没有质量的电粒子。这个电粒子在其他三个原子中间靠近氧原子。tip4p水模型多了一个粒子，模拟代价高一点，但是结果要好一点。但是最近有报道说使用spce水模型和GROMOS力场的计算结果最好。
Gromacs也可以使用其他力场，如AMBER力场等，使用方法请参考google。
pdb2gmx的输出基本可以做真空中模拟了，现在对MD模拟的要求高，一般都要有点水。为分子系统添加水环境和离子环境需要其他命令，要慢慢来。
