潘达网发表论文流程：用R软件撰写和发布科研论文
潘达网发表论文流程：用R软件撰写和发布科研论文安装过程可能要有点长，因为所需的前置包比较多，尤其是对Latex的支持，如果R报错缺必要的包，那就相应的安装一下即可。鑫哥喜欢用类似markdown的方式，一口气从头写到尾，然后用某种软件，一键生成论文格式，岂不妙哉。但Markdown对文献自动插入没有太多解决办法。写论文，自动生成参考文献和图表的内部交叉引用必不可少，这点是文献管理的强项，markdown还有很多问题待解决。今天介绍用R软件来生成一篇论文，实测效果极佳，基本可以达到鑫哥的要求。首选上网搜索并安装R软件的最新版，然后搜索并安装Rstudio，这个大家应该都没问题。然后用Rstudio安装rticles这个包，如图：
作者：赵洪鑫 复旦大学医学博士 北京洪宇科技有限公司CEO
在上一篇文章中，鑫哥摒弃了用word写简历，改用R软件一键生成。但是这远远不够，因为鑫哥这个人太懒了，而且坚信懒惰是第一生产力，是促进科技发展的动力。
在国外，写论文喜欢用Latex 在国内，用word比较多。但在鑫哥看来，这两种方式都是难以接受的。Latex复杂难用就不说了，用word写论文，很难保证持续的思路不被打断，开了个头，就会强迫症般的去调调格式，调调字体，调整对齐，无法保持沉浸式的写作。
对于写论文来说，作者的格式，单位的格式，各种声明，往往头疼和浪费时间。有些人喜欢用论文模板，比如文献管理endnote，noteexpress 医学文献王等软件，会提供各大期刊的论文word模板，但是功能实在有限，也就是把摘要，背景，方法，结果，讨论像八股文一样拆开填进去罢了，根本起不到“模板”的作用。
鑫哥喜欢用类似markdown的方式，一口气从头写到尾，然后用某种软件，一键生成论文格式，岂不妙哉。但Markdown对文献自动插入没有太多解决办法。写论文，自动生成参考文献和图表的内部交叉引用必不可少，这点是文献管理的强项，markdown还有很多问题待解决。
今天介绍用R软件来生成一篇论文，实测效果极佳，基本可以达到鑫哥的要求。
首选上网搜索并安装R软件的最新版，然后搜索并安装Rstudio，这个大家应该都没问题。然后用Rstudio安装rticles这个包，如图：
安装过程可能要有点长，因为所需的前置包比较多，尤其是对Latex的支持，如果R报错缺必要的包，那就相应的安装一下即可。
安装好之后，新建Rmarkdown文件：
这时候，我们发现，Rstudio里面已经多了很多出版商的论文模板，如爱思唯尔，Taylor等等：
这里我们就以PNAS为例，选中，点击OK。
这时候我们看到，已经导入了一篇论文模板，已经像八股文一样拆开了，可以在里面填写标题，小标题，一个个填写作者姓名，单位，地址，是否通讯作者，是否共同第一作者等等。然后相应地填入摘要、关键词、背景、方法、结果、讨论、结论、作者分工、利益冲突声明、致谢等部分。
不喜欢这种代码页面？没关系，点击Visual按钮，就可以可视化界面编辑，用markdown的方式，有点像在网上发帖子。
比较重要的几个点，就是图表的插入，还有参考文献的插入。
在需要插入文献的地方，用菜单插入，会打开Pumed等引擎，找到相应的文献插入即可。也可以用传统的文献管理软件把参考文献导出后批量化导入R再批量插入。
插入公式和特殊字符也比较简单。另外，为什么要推进用R来撰写论文，最重要的是插入图表功能，因为我们写论文，通常先要用统计软件分析好导出图表后再插入Word中去，而直接用R写论文的好处，就是可以用R实时进行统计分析，直接在论文某个部位生成统计表和统计图。在成文之后，每个统计图表的原始分析代码也嵌入了论文里，鼠标对着图表操作一下就能看到源代码，便于溯源。
现在我以我2020年发的一篇新冠论文为例，套用这个模板重新撰写一遍：
首先填一下这些论文基本信息：
---title:EstimatingthecasefatalityratiooftheCOVID-19epidemicinChina author: -name:XingWangPhD affiliation:1 2 -name:ZihuiMaMS affiliation:1 -name:YiNingScDMPHMD affiliation:3 4 -name:ChenChenPhD affiliation:1 5 -name:RujinChen6MD affiliation:6 -name:HongxinZhaoMDPhD affiliation:1 address: -code:1 address:ShanghaiSynyiMedicalTechnologyCo Ltd Shanghai China -code:2 address:NHCKeyLaboratoryofReproductionRegulation(ShanghaiInstituteofPlannedParenthoodResearch) PublicHealthSchool FudanUniversity Shanghai China -code:3 address:MeinianInstituteofHealth Beijing China -code:4 address:PekingUniversityHealthScienceCenterMeinianPublicHealthResearchInstitute Beijing China -code:5 address:NationalInstituteofEnvironmentalandHealth ChineseCenterforDiseaseControlandPrevention Bejing100050 China -code:6 address:DonorService ShanghaiBloodCenter Shanghai China corresponding_author: code:2 text:"Correspondingauthor.E-mail:zhx@zhaohx.com" lead_author_surname:Wang equal_authors: code:1 text:"XingWang ZihuiMa andYiNingcontributedequallytothearticle."
然后相应的把摘要，关键词，背景，方法等等内容放进去，统计图表和交叉引用和平时的软件差别不大。可以把界面调得舒服一些适合写作时候的心情，写作的时候不需要过多考虑排版问题。因为右侧有大纲，书写还是很愉快的，如图：
好，撰写完成之后，点击knit按钮，生成论文：
这里有个Draft的水印，可以去掉的。
我们看一下细节：
再看一下脚注等：
实际用下来还是相当省事的。当然，不喜欢这种双栏排版方式的，大家可以试试其他论文模板，一定能找到你想要的。
跟着鑫哥做懒人，你学会了吗？
