常用的基因富集分析工具：研究利器之34

常用的基因富集分析工具：研究利器之34在目前版本中RNALocate包括了9种RNA类型，包括csRNA lncRNA mRNA miRNA piRNA snRNA rRNA snoRNA和tRNA在目前版本中RNALocate包括了37700条手工策划的RNA相关的并具有实验证据的亚细胞定位，涉及65个物种（主要包括人，小鼠，和酿酒酵母等等）亚细胞定位已逐渐成为一个关键特征，当不同类型的RNA被运送到不同的细胞或细胞外区域后，亚细胞定位有利于更深入地了解RNA的生物功能。越来越多的证据显示，在生物学过程中位于不同的亚细胞器RNA拥有不同的功能。RNALocate（http://www.rna-society.org/rnalocate）旨在提供一个“RNA亚细胞定位”的高效的处理、浏览和分析的资源。当前版本的RNALocate建档了超过37700条手工策划的RNA相关的并具有实验证据的亚细胞定位，涉及65个物种（

研究利器之"RNALocate"：RNA亚细胞定位检索工具

导语

在8月19号《核酸研究》 网络版发表了哈尔滨医科大学，电子科技大学以及汕头医科大学共同开发的RNA亚细胞定位工具RNALocate 该工具整合了大数据资源，大大方便科研人员检索各种RNA分子的亚细胞定位以及后续预测方法的开发。

《Nucleic Acids Research》报道摘要

亚细胞定位已逐渐成为一个关键特征，当不同类型的RNA被运送到不同的细胞或细胞外区域后，亚细胞定位有利于更深入地了解RNA的生物功能。越来越多的证据显示，在生物学过程中位于不同的亚细胞器RNA拥有不同的功能。RNALocate（http://www.rna-society.org/rnalocate）旨在提供一个“RNA亚细胞定位”的高效的处理、浏览和分析的资源。当前版本的RNALocate建档了超过37700条手工策划的RNA相关的并具有实验证据的亚细胞定位，涉及65个物种（主要包括人，小鼠，和酿酒酵母等等），超过21800条RNA（9种RNA类型，包括mRNA miRNA lncRNA等等）和42种亚细胞定位（主要包括细胞核、细胞质、内质网和核糖体等等）。RNALocate提供方便友好的用户界面来查询、浏览和可视化RNA亚细胞定位的详细信息。RNALocate将有助于阐明RNA相关的亚细胞定位的整体轮廓以及开发新的预测方法。

数据库收集并整合的大量的RNA资源，其中包括miR Base database NCBI和Ensembl基因组数据库中的lncRNA、mRNA，tRNA和snRNA。亚细胞定位的名称主要是根据GO数据库定义。本文将所有PubMed数据库资源进行相关的检索并人工进行核对。而且，研究人员还检索了lncRNAdb PomBase FlyBase TAIR和DOT数据库。

RNALocate数据库内容

在目前版本中RNALocate包括了37700条手工策划的RNA相关的并具有实验证据的亚细胞定位，涉及65个物种（主要包括人，小鼠，和酿酒酵母等等）

在目前版本中RNALocate包括了9种RNA类型，包括csRNA lncRNA mRNA miRNA piRNA snRNA rRNA snoRNA和tRNA

RNALocate数据库检索方法

RNALocate数据库提供5中检索途径：

Path 1: dataset as RNA Symbol eg. hsa-let-7b-3p.

RNA名称，例如miRNA：hsa-let-7b-3p

Path 2: dataset as RNA Category eg. miRNA.

RNA目录，例如：微小RNA（miRNA）

Path 3: dataset as Subcelllular Localization eg. nucleus.

亚细胞定位，例如：细胞核（nucleus）

Path 4: dataset as Organism eg. Homo sapiens.

物种，例如：人（Homo sapiens）

Path 5: dataset as other kinds of ID (miRBase ID or Entrez ID) you can use miRBase or Entrez ID for searching.

数据库的ID号，例如miRBase ID:MIMAT0004482;

p53 Entrez ID:7157

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