为什么选lncrna（这个原因你想过吗）

为什么选lncrna（这个原因你想过吗）位点删除（locus deletion），启动子删除（promoter deletion）在这篇2014年Elife上发表的综述里面，作者讨论了研究lncRNA功能时需要考虑的问题，也给出了lncRNA进行沉默的方法：其实，这里又回到了上次我们说过的一个问题：分子的定位，关于这点我们上次写过一篇文章（一个lncRNA研究常忽视的关键点），当时举例说的是大家最喜欢用的ceRNA作用机制需要注意lncRNA的定位，大家再看RNA干扰原理图中的microRNA和siRNA在RNA降解这点上几乎完全一样，就会明白这两篇文章说的完全是一个问题！这里还有一个问题，如果lncRNA在胞核与胞浆中都存在，在沉默的时候需要分别考虑。好了，上面问题的解决导致一个新问题的出现：如果lncRNA定位在细胞核不出来，RNAi这个技术不能用了，该如何对lncRNA进行沉默呢？这个问题的答案是这张图：来源：Consid

题目是最近小张与一位朋友在聊课题的时候聊到的问题，在讲这个问题之前先说一下这位朋友的研究背景：他研究的课题是lncRNA促进肠癌细胞增殖的功能和机制研究，他首先从实验室完成的RNA-Seq数据中挑选了15条在肠癌样本中高表达（与对照相比）的lncRNA， 然后通过qPCR做了验证，结果发现10条是表达上调的。接下来他根据这10条lncRNA的序列设计和合成shRNA序列，构建载体包装病毒感染肠癌细胞，可是问题来了：细胞的感染效率很高（80%以上），可是检测lncRNA的干扰效率时，有5条的lncRNA干扰效率达不到30%，甚至有2条lncRNA干扰效率只有10%，所以非常郁闷。这个问题估计很多人遇到过，我记得后台也有朋友问过，今天来讨论下。

RNA干扰的原理图

在这里，我们从红框可以看到RNA干扰是发生在转录后水平胞浆内的，也就是说RNA要被干扰就要定位在胞浆中，mRNA我们知道是在胞浆里面，所以在做编码基因研究的时候没有问题；但是，lncRNA就不同了：lncRNA转录是发生在细胞核内，有的lncRNA特异性的定位于胞浆（出细胞核），有的特异性的定位于胞核，有的两者兼而有之，看到这里大家应该明白今天问题的答案了：尽管你设计的干扰序列是针对lncRNA的，但是如果lncRNA躲在细胞核内不出来，即使病毒转染效率再高也没什么卵用。就像荆轲刺秦王，你剑术再高，再牛逼，够不着我有什么用？！

其实，这里又回到了上次我们说过的一个问题：分子的定位，关于这点我们上次写过一篇文章（一个lncRNA研究常忽视的关键点），当时举例说的是大家最喜欢用的ceRNA作用机制需要注意lncRNA的定位，大家再看RNA干扰原理图中的microRNA和siRNA在RNA降解这点上几乎完全一样，就会明白这两篇文章说的完全是一个问题！这里还有一个问题，如果lncRNA在胞核与胞浆中都存在，在沉默的时候需要分别考虑。

好了，上面问题的解决导致一个新问题的出现：如果lncRNA定位在细胞核不出来，RNAi这个技术不能用了，该如何对lncRNA进行沉默呢？这个问题的答案是这张图：

来源：Considerations when investigating lncRNA function in vivo.Elife. 2014 Aug 14;3:e03058.

在这篇2014年Elife上发表的综述里面，作者讨论了研究lncRNA功能时需要考虑的问题，也给出了lncRNA进行沉默的方法：

1. 位点删除（locus deletion），启动子删除（promoter deletion）

2. 转录终止子插入（transc ription terminator insertion）

3. lncRNA反转（inversion），位点反转（locus inversion），启动子反转（promoter inversion）

4. 反义寡核苷酸（反义寡核酸DNA与RNA结合，然后通过RNase H降解，RNase H仅降解DNA-RNA复合物中的RNA序列，最终降解新转录的lncRNA）

5. RNAi

6. CRISPR/Cas9 和TALEN

来源：小张聊科研

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