ngs基因检测分析结果怎么看（结合CHPO梳理基因检测报告及解读流程）

ngs基因检测分析结果怎么看（结合CHPO梳理基因检测报告及解读流程）（1） 分别使用Phenomizer， 明鉴软件关联候选基因6、遗传学分析3、基因检测项目的选择4、基因检测及其质控5、生信分析

作者：顾卫红 丁铭（顾大夫研究生） 张占辉（北京金准基因科技有限责任公司技术支持）

本文针对一个不自主运动家系患者的临床表型，分析总结核心表型，转化为CHPO；由北京金准基因科技有限责任公司进行基因检测；结合CHPO（中文人类表型标准用语）梳理基因检测报告流程。供同行参考，希望推动行业建立更加完善的流程和连接平台，尽微薄之力。

1、临床资料

2、核心表型转化为CHPO

3、基因检测项目的选择

4、基因检测及其质控

5、生信分析

6、遗传学分析

（1） 分别使用Phenomizer， 明鉴软件关联候选基因

（2） 遗传变异位点分析

（3） 遗传变异位点解读

（4） 初步基因检测结果

（5） 家系验证

7、候选致病基因简介

8、表型相似度分析

9、先证者双基因致病？FTL、MAPT

1、临床资料

先证者头颅MRI：基底节对称异常信号（模糊），额叶皮层欠饱满

先证者表妹头颅MRI：基底节对称异常信号

2、核心表型转化为 CHPO

http://www.chinahpo.org/

左侧选框选择“表型”，输入核心表型，检索相应的CHPO

3、基因检测项目的选择

根据患者临床表型的分析与整理，初步判断该患者为常染色体显性遗传模式，且根据患者书写痉挛、流涎、不自主咬牙以及基底节对称异常信号，初步排除常见的导致动态突变的基因，因此选择亚全外显子组测序项目，进行分子遗传学检测。

4、基因检测及其质控

亚全外显子组测序，质量控制。

5、生信分析

将原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA-0.7.12软件比对至人类基因组参考序列（GRCh37）上，Picard去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，北京金准基因科技有限责任公司采用自行开发软件对变异位点进行注释。

6、遗传学分析

（1）分别使用Phenomizer， 明鉴软件关联候选基因：

Phenomizer：HPO团队建立的基因分析软件

http://compbio.charite.de/phenomizer/

在左侧选框中逐一输入HPO词，双击后词汇进入右侧列表（按照表型异常分类），右下角选择遗传模式，点击“Get diagnosis”。

Phenomizer计算相关疾病的p值，由小至大排序。关联基因列表排名前五的候选基因包括 FTL TBP MAPT ATP1A3 PDGFB

明鉴软件：http://www.monogdx.com

关联74个基因：排名前五的候选基因包括 FUS FTL ATP1A3 SPG11 ATXN2

（2）遗传变异位点分析：

在明睿单病云管家www.mono-mr.com 对患者变异位点进行数据分析，初始变异位点357个。输入74个候选基因，采用以下条件进行计算：

相关变异位点：

（3）遗传变异位点解读：根据2015年5月ACMG联合美国分子病理学学会（Associationfor Molecular Pathology，AMP）发布的遗传变异分类标准与指南，进行变异位点解读。

致病性证据：

FTL的变异位点解读: likely pathogenic （根据正常人数据库无携带PM2，移码突变PVS1，尚未参考家系验证结果）

PM2 中等：ESP数据库、千人数据库、EXAC数据库中正常对照人群中未发现的变异（或隐性遗传病中极低频位点）。

PVS1 极强致病性变异: 某些特定类型的变异（比如无义突变、移码突变、经典剪接位点±1或2点突变、起始密码子变异、单个或多个外显子缺失）被认为因无转录产物或由无义突变引起的转录子降解，导致基因产物完全缺失而破坏基因功能。

备注：

1. gnomAD为目前已知的最大规模人群频率数据库。

2. InterVar为哥伦比亚大学生物医学信息学王凯教授开发的疾病变异分析解读工具，wInterVar为在线版本。（InterVar可以对SNV&INDEL进行分析解读，wInterVar目前只应用于错义突变解读）。

（4）初步基因检测报告：

（5）家系验证：

FTL的变异位点解读：pathogenic（根据正常人数据库无携带PM2，移码突变PVS1，家系共分离PP1)

7、候选致病基因简介

FTL: FERRITIN LIGHT CHAIN 铁蛋白轻链

神经退行性病伴脑铁沉积症(Neurodegenerationwith brain iron accumulation NBIA)，包括一组遗传性神经退行性疾病，基底节铁沉积，临床表现为进行性加重的肌张力障碍，痉挛，帕金森病样表现，神经精神异常，可伴有视神经萎缩或者视网膜变性。发病年龄可从婴幼儿到中年后期，进展速度不一。部分类型出现认知功能下降，大多数病例认知障碍相对轻微。部分类型存在小脑萎缩。迄今已发现10种致病基因的突变可引起NBIA：PANK2 PLA 2G6 C19orf12 FA2H ATP13A2 WDR45 COASY FTL CP DCAF17。

8、表型相似度分析

OMIM # 606159

NEURODEGENERATION WITH BRAIN IRON ACCUMULATION 3; NBIA3

clinical synopsis

9、先证者双基因致病？FTL、MAPT

先证者携带的MAPT基因c.14G>A (鸟嘌呤>腺嘌呤)，导致氨基酸改变p.R5H(精氨酸>组氨酸)。HGMDpro数据库报道情况:此突变位点报道为致病突变(DM，报道疾病:Frontotemporal dementia)。

Clinvar

Hayashi S et al.Late-onsetfrontotemporal dementia with a novel exon 1 (Arg5His) tau genemutation. Ann Neurol. 2002;51(4):525-30.

Abstract：We report a case of frontotemporal dementiaand parkinsonism linkedto chromosome 17 of 5 years' duration in an 81-year-oldman whose brother haddied at age 86 years with dementia. In this patient wefound frontal andtemporal neuronal loss glial-predominant tau deposits progressive supranuclearpalsy-like straight tubules accumulation of4-repeat-predominantSarkosyl-insoluble tau and a novel exon 1 (Arg5His) taugene mutation. Thismutation decreased microtubule-promoting capacity andincreased fibrillation oftau in vitro. Thus we consider that the Arg5His mutation is anauthentictau gene abnormality responsible for the patient's tau pathology andlate-onsetdementia.

FTD clinical synopsis

先证者头颅MRI：基底节对称异常信号（模糊），额叶皮层欠饱满

先证者表妹头颅MRI：基底节对称异常信号

先证者MAPT基因错义突变来自父亲，其未就诊，家人反映其无疾病表现。建议来诊，做神经系统检查和头颅MRI，以明确是否存在认知障碍和皮层萎缩。

先证者是否存在FTL和MAPT双基因致病？

罕见病是我们的老师。。。

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