lncrna攻略（lncRNA红火了这么些年）

lncrna攻略（lncRNA红火了这么些年）强强联手，搭上DNA甲基化02而在ceRNA这种基因表达调控模式种，lncRNA因也存在与mRNA类似的miRNAs反应元件（MREs），可竞争性结合miRNA以达到调节mRNA水平的目的。一般当ceRNA表达沉默时，mRNA则在miRNA介导的沉默复合体（RISC）作用下降解；而当ceRNA表达激活后，可竞争结合RISC复合物，降低miRNA抑制功能，上调靶基因的表达量。ceRNA调控基因表达的机制图通常可先以RNALocate数据库预测lncRNA的胞内定位，一旦通过实验验证该lncRNA定居于细胞质，那么ceRNA机制研究就是板上钉钉的事儿了。

大家都知道，RNA世界有三宝：miRNA、lncRNA和circRNA。无论是其中哪一个，均有众多的科研者对其进行孜孜不断的探索与追求。老实说，这世上原本没有套路，只不过做的人多了，套路也就应运而生了。而lncRNA红火了这么些年，套路也是层出不穷，但其中最为经典的也无外乎以下几种套路。

01

ceRNA（竞争性内源RNA）

鉴于lncRNA与RNA属于铁杆兄弟，那么lncRNA研究首要考虑就是ceRNA。遥想当年，多少lncRNA研究性文章凭着ceRNA的牵线搭桥，一举成为CNS期刊的眼前红人。显然，有了ceRNA的保驾护航，lncRNA研究才能如履平地。

而在ceRNA这种基因表达调控模式种，lncRNA因也存在与mRNA类似的miRNAs反应元件（MREs），可竞争性结合miRNA以达到调节mRNA水平的目的。一般当ceRNA表达沉默时，mRNA则在miRNA介导的沉默复合体（RISC）作用下降解；而当ceRNA表达激活后，可竞争结合RISC复合物，降低miRNA抑制功能，上调靶基因的表达量。

ceRNA调控基因表达的机制图

通常可先以RNALocate数据库预测lncRNA的胞内定位，一旦通过实验验证该lncRNA定居于细胞质，那么ceRNA机制研究就是板上钉钉的事儿了。

02

强强联手，搭上DNA甲基化

ceRNA研究虽好，但现阶段也已经略显疲态。因而，lncRNA研究若想自抬身价，就必须另辟蹊径。其实，lncRNA除了能在胞浆内大展拳脚，在细胞核内也是锋芒毕露。这些核内lncRNA或混迹于染色质上，或定位于特定的亚核区域，对染色体组织、转录和转录后基因表达起着至关重要的调控作用。

而它与DNA甲基化之间的千丝万缕的联系，也是近年来为科研者津津乐道的。通常lncRNA与DNA甲基化转移酶（DNMT1、3）相结合后，可将此酶定位至基因启动子的CpG岛，并使其甲基化，进而来影响基因的转录水平。

Lnc2Meth (
http://www.bio-bigdata.com/Lnc2Meth/) 就是一个基于已有发表文献结果，对其中涉及到在特定研究疾病中的lncRNA及其甲基化结果进行了整理归纳收录的数据库。一般只需要输入lncRNA或某种疾病，就可检索到相关信息。

03

海纳百川，转录因子（TF）亦可结盟

其次，lncRNA也可作为转录调节子而在核内发光发热。此时，首先要考虑的是附近100万bp内的基因表达是否有影响，有则为cis-顺式作用；反之，则为trans-反式调控基因，随后可依据RNA pulldown筛选出与lncRNA结合的蛋白进行相应研究即可。

一言以蔽之，就是在基因表达调节作用中，lncRNA在与染色质、转录因子或RBPs结合后，可以TF或RBPs的定位和/或活性调节附近或其远端多个基因转录表达。此外，lncRNA也可调节特定通路和/或生物过程中的基因表达。

04

觉醒新技能，编码小分子多肽

老实说，lncRNA和circRNA原本同属一宗，只不过circRNA因独特的环状结构以及数量庞大的基数，才独立出来自成一派。显然，lncRNA与circRNA的相关研究是有共通之处。既然circRNA已然跨界领跑蛋白编码，那么lncRNA又岂能屈居人后呢？很快，lncRNA点亮了新技能，以短ORF编码特定多肽，誓要在蛋白编码领域分一杯羹。

至于lncRNA到底能不能翻译，还得看其自身先天条件——是否具有核糖体结合位点，以及是否具有开放阅读框（ORF，平均43到68 amino acids）。只有两种条件都符合，并且翻译的多肽在物种间具有一定保守性，那么该lncRNA才算是有了翻译的本钱。

而在确定lncRNA具备了翻译基本条件后，仍需要通过实验对其进行验证。比如体外ORF活性鉴定、细胞内多肽鉴定以及对lncRNA ORF突变后细胞生物表型的检测等等，均可为lncRNA的多肽翻译功能提供一种客观证据。

综上，凭借这4种套路，各位小伙伴就可任意驰骋lncRNA领域里的一阶文献。可是有时即便套路在手，科研新手们在进行lncRNA研究时仍是回首四顾心茫然，不知身向何处行。究其原因，就是因为与lncRNA见面不相识、相遇两不知，而使得他们在lncRNA研究之初就愣生生地被卡在了科研门外。

那么如若不想与心怡的lncRNA分子失之交臂，就需要先选择NCBI-Gene、Ensembl、NONCODE或LNCipedia这四大数据库之一，对lncRNA的序列大小、染色体定位、其表达的时间/组织特异性等信息进行分析，尽量做到知根知底。

而为了让大家对lncRNA的所有信息一览无遗，解螺旋针对lncRNA数据库使用的痛点，贴心推出单元课07【LncRNA信息检索数据库教程】，以精美的PDF图文教程让大家实打实的从零基础快速进化到“玩的溜”。

虽然通过以上数据库已将lncRNA之剑打磨的万分锋利，但若是不能将其应用于疾病中，那也相当于英雄无用武之地，只能使宝剑蒙尘。而LncRNADisease数据库却能提升lncRNA在医学研究中的实用性，为利用lncRNA解读疾病的发生发展添油加火。

因此，本次解螺旋单元课新添了课程彩蛋，根据lncRNAdisease数据库三大应用以及注释分析，来判断差异表达的lncRNA相关疾病和相互作用分子，助力大家快速锁定核心lncRNA。

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