mirna检测进展（细胞外小泡miRNA谱数据库）
mirna检测进展（细胞外小泡miRNA谱数据库）最后，对462个ev数据集进行了进一步的分析，其中包括来自17个组织和10个癌症类型的225份exosome和236份mv样本(表)。第二，实验设计描述模糊，原始读取少的数据集被丢弃。随后，对于每个数据集，在删除适配器(>45 nt或<15 nt)或低质量(平均质量的≤20)之后，使用多个N基(>5)或意外长度进行读取，并在丢弃过程后删除读取较少(<1M)的数据集。EVmiRNA提供了三个功能模块：(1)不同来源(如血液、母乳等)的miRNA表达谱和样本信息；(2)在不同EVS中特异表达的miRNA，有助于生物标志物的识别；(3)miRNA注释，包括miRNA在EVS和TCGA中的表达，miRNA途径的调控，以及miRNA的功能和出版物。EVmiRNA有一个用户友好的网页界面，强大的浏览和搜索功能，以及数据下载.这是第一个侧重于EVS中miRNA表达谱的数据库，将有
空闲时间，也不要懒惰呀！来和小喵一起看看文献吧！今天这篇文献主要是介绍evmiRNA：细胞外小泡miRNA谱数据库
论文：EVmiRNA: a database of miRNA profiling in extracellular vesicles（EVmiRNA：细胞外小泡miRNA谱数据库）
细胞外小泡（EVS)，如外膜小体和微囊泡，作为细胞间通讯载体和潜在的疾病生物标志物。
MicroRNAs(MiRNAs)是EVS中研究最多的分子，因此全面研究miRNA在EVS中的表达谱将有助于探索其功能和生物标志物。
我们收集了来自17个来源/疾病的462个EVS小RNA测序样本，并建立了EVmiRNA数据库。显示miRNA表达谱。我们发现在这些EVS中表达的miRNAs超过1000个，并检测到每个来源/疾病的EVS的特异性miRNAs。
EVmiRNA提供了三个功能模块：(1)不同来源(如血液、母乳等)的miRNA表达谱和样本信息；(2)在不同EVS中特异表达的miRNA，有助于生物标志物的识别；(3)miRNA注释，包括miRNA在EVS和TCGA中的表达，miRNA途径的调控，以及miRNA的功能和出版物。
EVmiRNA有一个用户友好的网页界面，强大的浏览和搜索功能，以及数据下载.这是第一个侧重于EVS中miRNA表达谱的数据库，将有助于EV生物标志物、miRNA功能和液体活检的研究和应用。
2数据生成
首先，从NCBI SRA数据库下载550 eV小RNA测序数据集。我们根据它们的样本介绍和适合国际细胞外囊泡学会(ISEV)标准的分离方法，将这些数据集分为Exosome和MVS。
第二，实验设计描述模糊，原始读取少的数据集被丢弃。随后，对于每个数据集，在删除适配器(>45 nt或<15 nt)或低质量(平均质量的≤20)之后，使用多个N基(>5)或意外长度进行读取，并在丢弃过程后删除读取较少(<1M)的数据集。
最后，对462个ev数据集进行了进一步的分析，其中包括来自17个组织和10个癌症类型的225份exosome和236份mv样本(表)。
干净的读取被映射到hg 38参考，并且映射的读被重新排列到rRNA，tRNA，snRNA，noRNA和piRNA参考，以确定他们以前的财产。
随后，上述未加注释的读码与miRBase V 21中的智人的典型的miRNA前序列对齐通过Bowtie鉴定已知的miRNAs允许1错配。为了更好地评价成熟miRNA的表达谱，一个成熟miRNA的表达值由其所有异构体的读相之和构成，即RPM(每百万读表示读)。
结果，近1000个miRNAs在EVS中表达，约占所有清洁阅读量的30%。约50%的miRNA在极低水平表达(rpm≤1)，14.3%的miRNA被认为是高表达(rpm≥10 0)。
用户可以通过样本浏览EVmiRNA(图)1A)、miRNAs和特定miRNAs。在样本浏览页面上，我们将样本分为Exosome组和MV组。
当单击一个exosome或mv源时，它将打开一个页面来显示mirna表达式热图，即每个mirna的平均表达值(图)。1B)、所选EV源中的样本汇总和详细样本信息。
用户可以通过miRNA ID、模糊匹配或miRNA的表达水平和样本来源对数据库进行检索。在mirna信息页上，我们用mirna的基本信息mirna表达来注释mirna(图)。
1C)，miRNA功能(图)1D)、miRNA通路调控、miRNA靶调控、文献报道以及小分子药物对miRNA的影响。
3讨论和未来展望EVS作为一种细胞间通信方式，携带着来自宿主细胞的选择性货物。EVS介导的受体与宿主细胞之间的相互作用主要取决于EVS的含量和目标细胞的摄取。MiRNAs被认为是EVS中的关键分子，也是研究最多的分子。
然而，虽然有几个数据库存放了EVS的包裹体，但它们大多集中在EVS中分子的收集上，没有表达值。虽然系外基础在92份血源外体标本中进行mRNA、INcRNA和CirRNAs的表达谱分析，目前尚缺乏EV-miRNAs谱。
我们的EVmiRNA是第一个综合数据库，侧重于miRNAs谱和潜在的EVS调控信息。EVmiRNA提供了EVS的综合miRNA信息，包括miRNA在每种源类型中的平均表达，每个样品中miRNA的表达丰度，每种EV类型的miRNA的顶部表达和特异表达的miRNA，miRNA调控的途径，以及miRNA的功能和出版物。文中还介绍了实验分离方法和文献。
最后，EVmiRNA易于使用，无需注册即可免费获取。随着EV测序数据的不断扩大，我们将继续更新我们的数据库，收集更多关于EV样本的数据集以涵盖更多的EV类型，并收集EVS的宿主细胞样本进行比较分析。通过对EVmiRNA的不断维护和更新，我们相信EVmiRNA将成为EVS生物标志物发现和调控机制探索的有用资源。
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