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rna通路的研究(鉴定RNA聚合酶II转录工厂控制因子RUVBL2-北京大学生命科学)

rna通路的研究(鉴定RNA聚合酶II转录工厂控制因子RUVBL2-北京大学生命科学)技术性能:实验室制冰机BF80ARUVBL2在多种肿瘤细胞中高表达,参与复合体众多,但RUVBL2的直接靶基因以及基因调控网络并不清楚。为探究RUVBL2促进Pol II凝聚体形成的功能,研究者应用吲哚乙酸介导的快速降解RUVBL2蛋白系统,并对RUVBL2降解后引起的基因转录和转录后效应进行分析。通过整合分析染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)、时间序列的转录组测序(RNA-Seq)以及新生转录组测序(PRO-Seq)数据,鉴定出45个在转录水平上快速响应RUVBL2降解的直接靶基因和41个在转录后水平快速响应RUVBL2降解的即时响应基因。 进一步通过鉴定多种肿瘤细胞系中RUVBL2的染色质结合位点,证明了RUVBL2调控的45个靶基因在不同细胞系中的普适性,绘制了以RUVBL2-Pol II为轴的转录调控网络。应用机器学习对现有染色质结合数据进行综合分析,发现RUVBL2更广泛的

RNA聚合酶II(Pol II)作为真核细胞中转录核心机器,主要负责转录编码蛋白质的mRNA和部分非编码RNA。Pol II在细胞中并不是均匀分布的,而是在细胞核中形成大量聚集的簇(cluster),这些簇通常被称为转录工厂或者转录凝聚体。转录工厂是在1993年由Peter Cook 和Luitzen de Jong课题组在RNA聚合酶和新生RNA标记成像的实验中偶然发现 1 2,2012年Yijun Ruan 课题组通过RNA聚合酶的ChIA-PET测序分析进一步确认 3。

2013年Xavier Darzacq 和 Ibrahim I. Cissé课题组通过超高分辨显微成像发现转录工厂呈现动态变化并且与活细胞中的RNA生成相关4。先前的研究发现转录工厂能够介导不同染色质位点基因的协同表达、增强基因转录效率、组织三维染色质结构、并且可以帮助癌症中的染色体易位。转录工厂相关研究的重要问题之一是并不清楚其关键控制因子。另一方面,基因表达调控的机制研究通常着眼于转录的起始、延伸和终止的过程研究,对于是否能够通过控制转录工厂实现基因表达操控依然未知。

rna通路的研究(鉴定RNA聚合酶II转录工厂控制因子RUVBL2-北京大学生命科学)(1)

模型

RUVBL2-Pol II轴的功能

RUVBL2在多种肿瘤细胞中高表达,参与复合体众多,但RUVBL2的直接靶基因以及基因调控网络并不清楚。为探究RUVBL2促进Pol II凝聚体形成的功能,研究者应用吲哚乙酸介导的快速降解RUVBL2蛋白系统,并对RUVBL2降解后引起的基因转录和转录后效应进行分析。通过整合分析染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)、时间序列的转录组测序(RNA-Seq)以及新生转录组测序(PRO-Seq)数据,鉴定出45个在转录水平上快速响应RUVBL2降解的直接靶基因和41个在转录后水平快速响应RUVBL2降解的即时响应基因。

进一步通过鉴定多种肿瘤细胞系中RUVBL2的染色质结合位点,证明了RUVBL2调控的45个靶基因在不同细胞系中的普适性,绘制了以RUVBL2-Pol II为轴的转录调控网络。应用机器学习对现有染色质结合数据进行综合分析,发现RUVBL2更广泛的与多种转录因子共结合在活跃基因启动子区域,可能共同调控基因表达,进一步提示了RUVBL2通过促进Pol II与多种转录因子形成转录凝聚体的模式发挥转录调控的功能。为此,研究者通过RNA原位杂交结合免疫荧光实验(smRNA FISH IF)在RUVBL2直接靶基因位点也佐证了该模型。

RNA聚合酶做为实验过程的主要样品,需要在别携式冰盒保存,对冰有一定需要,如冰的大小,温度及其保温时间等,实验室制冰机(BF80A,Fiocchetti )

rna通路的研究(鉴定RNA聚合酶II转录工厂控制因子RUVBL2-北京大学生命科学)(2)

实验室制冰机BF80A

技术性能:

*制冷方式,风扇循环空气散热器制冷,采用变频节能高效丹弗斯压缩机进行制冷,制冷剂采用环保高效R134A,40分钟内封闭空间温度可将到-40°C 热交换量2100焦耳/小时。24小时耗电量不超过7.5KWH.

制冰量:工作环境5-35 °C 温度下 日平均制冰量不小于73kg/24 夏天制冷73kg/24小时,冬天制冰量85kg/24.

*储冰室:环保保温的宽大的储冰室可以一次容纳不少于25kg雪花状冰,满足中小规模实验需求。

噪音:设备运行工作中产生噪音不高于64dBa(分呗)

* 制冰机过程:采用内旋转螺旋冰刀与外制冷系统结合方式,实现冰水连续循环分离,连续制冷,碎冰上行中继续制冷确保足够的制冷量,自由下行水继续制冰(提供技术参考图纸)。节约水,并吸热量足。

*耗电量:设备正常运行耗电量300W 每次生产100kg冰的耗电量13.2kwh

工作要求:

温度:环境温度5~35°C 空气温度10~40°C

电压:220V ±10% 50HZ,正常运行电流3.8A 启动时电流17A,纯铜电缆不小于3 x 1.5 mm2,额定电流承受不小于10A。

水源:输入水压范围1 bar/5 bar,水温范围5~4 0°C,冷水浴不1420,每小时耗水量高于

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