从哪里找基因序列（如何查找基因序列信息）
从哪里找基因序列（如何查找基因序列信息）3.点击后进入以下页面，通过UCSC数据库可以查询该基因的基因组信息，蛋白质数据库UniprotKB相关信息，该基因在不同组织表达的RNA-seq数据，基因芯片数据，蛋白质功能域以及结构，GO富集分析等等内容2.点击GO之后出现以下界面，点击黑色标注的BCL22. 点击NM_000633.2，可以查询基因编码区CDS、以及外显子exon等。应用小故事(1)：比如，近年来异常火爆的cas9技术，是在DNA的水平进行编辑。在验证cas9对基因效率时，一般将突变型与野生型的基因序列交给测序公司，通过分析测序结果判断基因是否发生突变。而为了实现DNA的水平的突变，在进行设计时就会在mRNA序列中的mRNA序列的外显子上进行设计引物，为什么是外显子呢？因为内含子在翻译过程中被剪切，即便发生序列发生改变，功能也不会改变。1.打开UCSC主页，选择物种，输入基因名称
查找基因信息，好多网站都可以做到。一般常用的经典基因数据库有NCBI、 UCSC。下面我们就以BCL2为例看一下如何在这两个数据库查找基因信息，比如最常查询DNA序列、mRNA序列以及启动子序列、UTR序列甚至蛋白质序列。
一.DNA序列1.打开NCBI中Gene选项，输入BCL2后，点击search
2. 首先寻找基因DNA序列，如图所示，可以看到基因在染色体定位
1.在mRNA and protein一栏中，可以看到BCl2基因有两个转录本NM_000633.2和NM_000633.2
2. 点击NM_000633.2，可以查询基因编码区CDS、以及外显子exon等。
应用小故事(1)：比如，近年来异常火爆的cas9技术，是在DNA的水平进行编辑。在验证cas9对基因效率时，一般将突变型与野生型的基因序列交给测序公司，通过分析测序结果判断基因是否发生突变。而为了实现DNA的水平的突变，在进行设计时就会在mRNA序列中的mRNA序列的外显子上进行设计引物，为什么是外显子呢？因为内含子在翻译过程中被剪切，即便发生序列发生改变，功能也不会改变。
三.启动子序列、UTR序列、蛋白序列1.打开UCSC主页，选择物种，输入基因名称
2.点击GO之后出现以下界面，点击黑色标注的BCL2
3.点击后进入以下页面，通过UCSC数据库可以查询该基因的基因组信息，蛋白质数据库UniprotKB相关信息，该基因在不同组织表达的RNA-seq数据，基因芯片数据，蛋白质功能域以及结构，GO富集分析等等内容
（1）根据查询目的 比如查询基因启动子、UTR、CDS区，点击Genomic sequence
（2）根据需求选择需要查询的内容，同时可以设置UTR、CDS区等，搜索结果会以大小写形式区分。转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是猜测它的大体位置，比如你要研究 promoter 区，建议选择转录起始位点前的2000个碱基进行研究。当然如果觉得长度太长，也可以只研究-1000 到0 这一千个碱基，一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内
应用小故事(2)：在mircroRNA的研究中，最关键的一步是验证mircroRNA与靶基因是否具有调控关系。可以通过将目的基因3’UTR区域构建至载体中报告基因luciferase的后面， 通过比较过表达或者干扰miRNA后，监测萤光素酶的活性变化而验证报告基因表达的改变。
（3）如果想要查寻蛋白序列，点击protein即可得到
当然，如果不满足于获得蛋白质序列，还可以看看蛋白质功能域与3D结构。
最后，不管是Pubmed还是UCSC数据库 数据库功能都非常强悍，而且数据库会链接到不同的数据库（Uniport GO MGI等等），让搜索变得更简单。所以需要我们不断地学习与探索......
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