各种超声检测方法的对比（CSTTechTips）

各种超声检测方法的对比（CSTTechTips）对于 ChIP 和 ChIP-seq，理想的片段大小为小于 1000 个碱基对。在超声处理实验步骤中，染色质片段大小取决于超声处理的总时长。就像您在这个超声处理时间进程实验中看到的，超声处理 4、8 或 12 分钟均产生理想大小的碎裂染色质 DNA，并且超声处理时间越长，染色质碎片会偏小。但当我们来看使用这些染色质样本进行靶标富集时，超声处理 4 分钟可产生理想的靶标富集水平。谨惕超声过度！更有趣的是，您可以看到超声处理过度比超声处理不足更糟糕。超声处理过度可能会使靶蛋白脱离 DNA，或使靶蛋白或其抗体表位变性，从而破坏染色质的完整性。因此，我们建议您花一点时间来优化您的实验，以确定获得理想大小的染色质片段所需的最小超声处理程度。

CST ChIP 实验的染色质片段化有两种方法，一种是超声法，另一种是酶解法。无论您采用的是超声法还是酶解法，均需要对样品进行超声处理，超声可以促进细胞和胞核的裂解，以及染色质的片段化。

超声过程中的两个注意点

无论您使用哪种实验步骤，在超声处理期间或间隔应始终把样本放在冰上，以避免样本变热。其次，您需要将超声仪探针的针尖插入到试管的底部，并调整超声仪设置，如波幅，以免超声处理期间出现气泡。否则，您的靶蛋白可能会变性，导致 ChIP 信号丢失。

如何达到最理想的超声效果？

对于 ChIP 和 ChIP-seq，理想的片段大小为小于 1000 个碱基对。在超声处理实验步骤中，染色质片段大小取决于超声处理的总时长。就像您在这个超声处理时间进程实验中看到的，超声处理 4、8 或 12 分钟均产生理想大小的碎裂染色质 DNA，并且超声处理时间越长，染色质碎片会偏小。但当我们来看使用这些染色质样本进行靶标富集时，超声处理 4 分钟可产生理想的靶标富集水平。

谨惕超声过度！

更有趣的是，您可以看到超声处理过度比超声处理不足更糟糕。超声处理过度可能会使靶蛋白脱离 DNA，或使靶蛋白或其抗体表位变性，从而破坏染色质的完整性。因此，我们建议您花一点时间来优化您的实验，以确定获得理想大小的染色质片段所需的最小超声处理程度。