论述大肠杆菌的dna的生物合成过程，融合胞嘧啶脱氨酶绘制细菌转录因子的DNA结合位点分布图

论述大肠杆菌的dna的生物合成过程，融合胞嘧啶脱氨酶绘制细菌转录因子的DNA结合位点分布图

DNA-蛋白质相互作用是基本细胞过程的核心，但在细菌基因组规模上测量这些相互作用的广泛应用技术普遍非常费力，而且只能捕捉到结合事件的快照。

近日，华盛顿大学Joseph D. Mougous和哈佛医学院Simon L. Dove实验室合作在Nature Microbiology发表文章“Genome-wide protein–DNA interaction site mapping in bacteria using a double-stranded DNA-specific cytosine deaminase”，设计了一种简便的方法，使用双链DNA特异性胞嘧啶脱氨酶毒素DddA在体内绘制DNA-蛋白质相互作用位点。在3D-seq（DddA测序）中，DddA与感兴趣的DNA结合蛋白融合，使得菌株染色体中结合DNA的融合蛋白所占据位点附近的DNA序列积累特征性突变。高深度测序能够检测这些菌株中突变频率增加的位点，从而产生DNA-蛋白质相互作用位点的全基因组图谱。作者验证了3D-seq可用于两种细菌铜绿假单胞菌和大肠杆菌中的四种转录调节因子表征。

文章展示的3D-seq易于实施、可随时间记录结合事件并具有单细胞分辨率。

（张译文 摘译）