非编码rna研究的主要方向（12月有哪些新进展）

环状RNA与血浆蛋白可能对先兆子痫（PE）具有预测价值（如circ_101222和ENG）。当将血浆蛋白与circRNA组合使用时，这些因素中的每一个的性能得到加强。 这些初步的结果均需要更多的研究和其他验证。

2、与衰老相关的环状RNA的鉴定揭示衰老抑制物CIRCPVT1

Identification of senescence-associated circular RNAs (SAC-RNAs) reveals senescence suppressor CircPVT1

Nucleic Acids Res，IF=9.202

本文使用RNA测序（RNA-Seq）比较了增殖（早期传代）和衰老（晚期传代）人类二倍体WI-38成纤维细胞中的环状RNA的表达模式。在差异表达的衰老相关的环状RNA（SAC-RNA）中，作者鉴定了因PVT1基因外显子的环化所产生的CircPVT1，发现其在衰老成纤维细胞中的表达水平显着降低。另外，减少CircPVT1在增殖成纤维细胞中的表达水平会触发衰老——通过提高的衰老相关的β-半乳糖苷酶的活性、高丰度的CDKN1A / P21和TP53以及下降的细胞增殖确定的。

虽然部分microRNAs被预测结合CircPVT1，只有let-7被发现在内源性CircPVT1下降后富集，表明CircPVT1可能选择性调节let-7活性，从而使let-7调控mRNAs的表达。报告分析显示，CircPVT1会减少可利用的let-7的细胞库，并拮抗内源性let-7引发细胞增殖。重要的是，沉默CircPVT1会促进细胞衰老但let-7功能受损后增殖表型会发生逆转。因此，通过沉默CircPVT1将减少了由let-7的靶mRNA编码的几种防止衰老的增殖性蛋白（例如IGF2BP1，KRAS和HMGA2）的水平。研究结果表明与衰老相关的环状RAN（SAC-RNA ）CircPVT1在分裂细胞中升高、在衰老细胞中减少，隔绝let-7能实现增殖表型。

3、ACFS:从RNA测序数据中准确鉴定和定量环状RNA

Acfs: accurate circRNA identification and quantification from RNA-Seq data

Sci Rep，IF=5.228

环状RNA是一组闭环形式的单链RNA。它们是剪接产生的，在各种组织中广泛表达并且在发育和疾病中具有功能性影响。为了促进使用RNA测序数据的环状RNA的全基因组表征，本文提出了一个名为Acfs的免费软件包。 Acfs允许从头测序，从单端和双端RNA测序数据中准确快速鉴定以及定量环状RNA丰度。在模拟数据集上，Acfs在当前最先进的工具中实现了最高的F1精度和最低的错误发现率。在现有的数据集中，Acfs有效地识别更多真正的环状RNAs。此外，本文展示了在2个白血病数据中环状RNA的分析能力。本文确定了一组在AML和APL样品之间差异表达的环状RNA，这可能使用环状RNA谱来阐明复杂疾病的潜在分子分类。此外，如在许多疾病中表现的染色体易位，不仅可以产生融合转录物，而且可以产生临床相关的融合环状RNA。Acfs具有的高精度、低FDR和识别融合环状RNA的能力，本文认为其非常适合广泛应用于鉴定从非模式生物到癌症生物学中的环状RNA。

4、在泛素结合酶中的缺陷UBE2A在阿尔茨海默病（AD）中与天然环形MIRNA-7海绵中的缺陷（CIRCRNA; CIRS-7）相关

Deficiency in the Ubiquitin Conjugating Enzyme UBE2A in Alzheimer's Disease (AD) is Linked to Deficits in a Natural Circular miRNA-7 Sponge (circRNA; ciRS-7).

Genes (Basel)，IF=3.242

我们对人类中枢神经系统（CNS）转录组中的小非编码单链RNA（ssRNA）的高度专业化的功能的理解不断发展。环状RNA，一类最近发现的在大脑和视网膜中富含的ssRNA类，是极其稳定的，并且对于外切核酸酶的降解具有固有的弹性。需要游离核糖核苷酸末端的ssRNA，miRNA或mRNA检测和定量的常规方法可能显着低估CNS环状RNA在CNS中的数量和显着性。高度特异性小ssRNA，例如〜23nt的hsa-miRNA-7，不仅在人边缘系统中丰富，而且还与〜1400nt环状RNA相关的miRNA-7（ciRS-7）在相同解剖区域。在结构上，ciRS-7含有约〜70个串联抗miRNA-7序列，并且作为内源的、抗互补的miRNA-7“海绵”，其具有吸引、结合并因此猝灭天然miRNA-7的功能。使用DNA和miRNA阵列技术的组合，增强的LED- Northern和Western印迹杂交，以及镁依赖性核糖核酸外切酶和circRNA-敏感探针RNaseR，在这里文章提供了在散发性阿尔茨海默病（AD）新皮层（Brodmann A22）和海马CA1中明显错误调节的ciRS-7-miRNA-7-UBE2A通路的证据。ciRS-7介导的“海绵状事件”中的缺陷，导致过量的环境miRNA-7似乎驱动了miRNA-7易感mRNA靶标表达的选择性下调，例如编码泛素缀合酶E2A (UBE2A）。UBE2A通常用作泛素26S蛋白酶体系统中的中枢效应物，通过蛋白水解协调淀粉样蛋白肽的清除，已知其在散发性AD脑中耗尽，因此有助于淀粉样蛋白积累和老年斑形成 。 circRNA-miRNA-mRNA调节系统的功能障碍似乎代表了由散发性AD过程靶向的人CNS中致病性基因表达程序的另一个重要的表观遗传控制层。

5、环状RNA在老化小鼠脑中的积累

CircRNA accumulation in the aging mouse brain.

Sci Rep，IF=5.228

环状RNA是新近认可的跨不同门表达的RNA类型。这些神秘的转录物最通常由蛋白质编码基因的外显子的反向剪接事件产生。由于缺乏游离5'和 3' 末端而导致高度稳定的RNAs。环状RNA在神经组织中富集，表明它们可能有神经功能。这里，作者设法确定环状RNA的积累是否发生在老龄期的老鼠。作者进行了年轻（1个月大）和老年（22个月大）老鼠的皮层、海马和心脏样品的总RNA测序。这导致在这些样品中6 791个不同的circRNA的可靠检测，包括675个新型circRNA。分析发现在老化期间神经组织中的circRNA上调的强偏差。通过RT-qPCR和Northern的分析来验证个体circRNA的这些年龄累积趋势。相比之下，老年与年轻的心脏的比较未能揭示circRNA上调的全球趋势。发现在脑组织中circRNA的年龄积累在很大程度上独立于宿主基因的线性RNA表达。这些研究结果表明circRNAs可能发挥与老化的神经系统相关的生物学作用。

6、环状RNA生物学见解

Insights into circular RNA biology.

RNA Biol，IF=4.076

环状RNA表达具有细胞类型和组织特异性，并且可以在很大程度上独立于线性宿主基因的表达水平，表明表达的调节可能是关于控制环状RNA功能的重要方面。文中给出定义环状RNA的特征的简要介绍，并随后讨论推定的生物发生途径和环状RNA表达的调节器以及发生环状RNA形成的阶段。 作者还将提供环状RNA功能的简要总结，最后是关于环状RNA生物学的未回答的问题的前景。

7、增加物种进化过程中CIRCRNA表达的复杂性

Increased complexity of circRNA ex pression during species evolution.

RNA Biol，IF=4.067

最近的研究表明了环状RNA表达的细胞/组织特异性方式，然而，环状RNAs在物种之间的独特的表达模式及其基础机制仍有待探讨。本文系统地比较了人类和小鼠的环状RNA的表达，发现只有一小部分人类环状RNA可以在平行的小鼠样本中确定。人和小鼠之间的保守的环状RNA表达与在两个物种中侧向反向剪接的外显子的内含子中存在取向相反的互补序列，而不与环状RNA序列本身存在相关。利用互补序列索引（CSI）跨越环状RNA侧翼内含子量化通过反向互补序列能力配对的RNA，发现，在所有类型的互补序列中，SINEs，特别是人中的Alu元件，对环状RNA形成的贡献最大，同时，跨物种的分布导致了物种进化过程中环状RNA表达复杂性的增加。总的来说，文中兼具综合性及比较性的环状RNA参考目录揭示了在不同的物种中一对一的环状RNA表达的特定模式并暗示了过去未曾充分认识的快速演化的SINEs对（circRNA）基因表达调控的影响作用。

8、环状RNA谱证实CIRCPVT1作为胃癌中的增殖因子和预后标记物

Noncoding RNAs in Heart Failure.

Cancer Lett，IF=5.992

环状RNA（circRNA）包含一类新的广泛的非编码RNA，其可以调节真核生物中的基因表达。 然而，环状RNA在人类癌症中的表征和功能仍然难以捉摸。 本文确定至少5500个不同候选环状RNA和一系列环状RNA在胃癌（GC）组织与匹配的正常组织中的差异表达。 本文进一步表征了来自PVT1基因的一个环状RNA，并将其称为circPVT1。circPVT1在胃癌组织中表达上调是由于其基因组位点的扩增。 circPVT1可通过作为miR-125家族成员的海绵体来促进细胞增殖。 研究circPVT1的表达水平作为胃癌患者总体存活和无疾病存活的独立预后标志物。 研究表明circPVT1是在胃癌中的一种新型增殖因子和预后标记。

9、心脏衰竭中的非编码RNA

Circular RNA in blood corpuscles combined with plasma protein factor for early prediction of pre-eclampsia.

Handb Exp Pharmacol，IF=？

心力衰竭是全世界医疗负担和死亡的主要原因。当前的治疗策略能够减缓健康心脏向失败心脏的过渡;然而更好地理解失败心脏中适应不良重塑的复杂遗传调控是新药物发现的关键。非编码RNA是心脏基因表达的关键表观遗传调节因子，因此显着影响心脏稳态和功能。在本文中作者讨论了非编码RNA，特别是miRNA，长非编码RNA和环状RNA的特征，并且回顾最近的证据、不同阶段的心力衰竭进展。几个公开性的问题仍然妨碍着非编码RNA调节治疗在诊所的广泛使用，但它们正成为定义心脏新的调节机制的有吸引力的目标。深入研究它们与基因网络的相互作用将改进我们目前的心力衰竭观点，并在未来几年改变药物开发。

10、环状RNA在结直肠癌中的差异表达的综合概况揭示HSA_CIRC_0000069表达上调和促进细胞增殖、迁移、侵袭

Comprehensive profile of differentially expressed circular RNAs reveals that hsa_circ_0000069 is upregulated and promotes cell proliferation migration and invasion in colorectal cancer.

Onco Targets Ther，IF=2.272

如今，尽管在癌症研究方面取得了巨大进步，但结直肠癌（CRC）的详细机制仍然知之甚少。 环状RNA已经被鉴定为各种癌症中的关键调节器，包括CRC。

在这项研究中，通过使用无监督层次聚类分析，发现一个新型异常环状RNA，hsa_circ_0000069。 使用定量Q-PCR在30个配对的CRC组织和相邻的非癌组织中测定hsa_circ_0000069的表达。在CRC组织中观察到hsa_circ_0000069的高表达，并与患者的年龄和肿瘤、淋巴结、转移（TNM）阶段相关（P <0.05）。 此外，通过在CRC细胞中使用特异设计的siRNA，进行功能分析，其显示hsa_circ_0000069敲除可显着抑制细胞增殖、迁移和侵袭，并在体外诱导细胞周期的G0 / G1期停滞。

这项研究的结果是第一个证明hsa_circ_0000069在癌症进展中是重要的调节器，可能是结肠直肠癌诊断和治疗的有前途的目标。

11、环状RNA功能鉴定

Emerging Functions of Circular RNAs.

Yale J Biol Med，IF=？

最近通过转录组范围测序在后生动物基因组中鉴定了数千个环状RNA。 大多数环状RNA通过来自蛋白质编码基因的外显子的反向剪接事件产生。 最近在理解全基因组表达模式、生物发生和环状RNA的调节方面取得了很大的进展。 然而，迄今为止，已经鉴定了的环状RNA功能依然很少。环状RNA优先在神经组织中表达，一些在突触中发现，暗示了神经系统中可能存在其功能。 已经发现了数种环状RNA作为microRNA“海绵”起作用以抵消microRNA介导的mRNA抑制。 环状RNA新功能的出现，包括蛋白质螯合，转录调节和癌症中的潜在功能。在这里，本文强调了最近在理解环状RNA的生物发生和调控，讨论新发现的环状RNA功能，解释揭示这些RNAs更多令人兴奋和意想不到的角色的方法进展。

来源：永诺生物

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