单基因预后诊断套路（只做预后和富集分析就能发6分）

单基因预后诊断套路（只做预后和富集分析就能发6分）往期精彩：就在回来的路上，这不灵感就来了：单基因-单疾病、单基因泛癌、双疾病联合分析的思路小云都分享过了，那还有双基因组合的生信分析思路呐！分析单个基因是平平无奇，双基因组合会让你的分析与众不同，惊喜连连！小云为了给你们想新思路着实费了一番功夫，但是一直依靠坐着冥想和胖师兄的指点这两条路似乎不太可行。于是最近去参加了几场生信分析的讲座，一方面提升一下自身的学术水平，另一方面听听生信大咖的想法，也是创作灵感的来源！

尔云间 一个专门做科研的团队

原创 eryun 云生信学生物信息学

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小云信心满满的想要教会你们如何轻松玩转生信分析！

分析一种疾病是常规思路，双疾病联合就能创造奇迹；

分析单个基因是平平无奇，双基因组合会让你的分析与众不同，惊喜连连！

小云为了给你们想新思路着实费了一番功夫，但是一直依靠坐着冥想和胖师兄的指点这两条路似乎不太可行。

于是最近去参加了几场生信分析的讲座，一方面提升一下自身的学术水平，另一方面听听生信大咖的想法，也是创作灵感的来源！

就在回来的路上，这不灵感就来了：单基因-单疾病、单基因泛癌、双疾病联合分析的思路小云都分享过了，那还有双基因组合的生信分析思路呐！

往期精彩：

1、单基因铁死亡新切入点生信分析

2、7.5分单基因泛癌，两个月接收！

3、双疾病联合分析思路汇总（私信小编获取全集）

没有思路找小云，超多个性化、创新性高的分析思路！

于是乎，小云就查到了一篇利用双基因的纯生信分析文章，让我们一起来看看吧。

发表时间：

2022年1月

发表杂志：

Frontiers in Oncology

影响因子：

6.244

文章题目：

Prognostic Significance and Gene Co-Expression Network of PLAU and PLAUR in Gliomas

私信小编获取原文

研究思路

尿激酶型纤溶酶原激活物(PLAU)及其受体PLAUR的表达异常与肿瘤发生有关。研究采用在线数据库（包括Oncomine、GEPIA、CGGA、cBioPortal和LinkedOmics），分析PLAU/PLAUR的过表达与年龄、肿瘤类型、WHO分级、组织学等临床变量显著相关。基因共表达网络分析PLAU和PLAUR的共表达基因，GSEA分析PLAU和PLAUR共表达基因参与的信号通路。

主要研究结果

1、胶质瘤中PLAU和PLAUR的表达水平

应用Oncomine数据库研究胶质瘤与正常脑组织PLAU和PLAUR基因表达是否存在差异。结果发现在GBM和低级别胶质瘤(LGG)中，PLAU和PLAUR的表达水平明显高于正常脑组织。

进一步分析胶质瘤患者PLAU和PLAUR 的表达与临床病理参数的关系，发现PLAU和PLAUR在老年、WHO等级较高、复发性胶质瘤等患者中的表达明显高于对照组。

图1. 胶质瘤中PLAU和PLAUR的表达水平

2、PLAU/PLAUR在胶质瘤中的预后价值

通过GEPIA和CGGA检索到预后数据，分析发现PLAU和PLAUR的高表达预示着胶质瘤患者的预后不良（图2）。

图2. 总生存率和无病生存率分析

3、胶质瘤PLAU/ PALUR功能网络基因集富集分析

应用LinkedOmics功能模块对胶质瘤患者的测序数据进行分析。结果分别展示了与PLAU、PLAUR正相关或负相关的基因。通过Pearson相关分析发现PLAU与PLAUR在基因列表中呈显著正相关，在原发性胶质瘤和复发性胶质瘤中的表达也呈高度正相关。基因集富集分析(GSEA)显示，PLAU共表达基因主要参与中性粒细胞和T细胞的生物加工等。同样，PLAUR及其共表达基因不仅与免疫细胞关系密切，而且在神经元结构、细胞底物连接、跨膜活性等方面也起着至关重要的作用。

图3. 功能富集分析

总结

这篇文章的分析内容比较简单，都是常规的分析方法，创新点就是同时分析了2个基因与预后的相关性、2个基因的共表达网络和功能富集分析。

除此之外，双基因还能分析免疫细胞浸润：

双基因也能进行泛癌分析：

单基因做多了，来个双基因分析思路也不错，能够让审稿人眼前一亮，那文章的接收函不就到手了吗？对双基因生信分析感兴趣的小伙伴快来吧！